More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12170 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_12170  transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  503  1e-141  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1014  GntR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.84 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0543  trehalose operon repressor  25.56 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.405615  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5417  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0527  trehalose operon transcriptional repressor  25.11 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  42.39 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  46.99 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  25.2 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1002  transcriptional regulator, GntR family  24.05 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5560  putative transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8553  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0729344  hitchhiker  0.000642156 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0303  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0369  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 249 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  24.49 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0374  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.67 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.67 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0510  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3308  transcriptional regulator, GntR family  24.12 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  36 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  39.44 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1614  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.842348  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2893  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1491  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0628675  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.9 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2073  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0165652  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1883  GntR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 246 aa  57  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.81 
 
 		 243 aa  57  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2444  GntR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000401833  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33520  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.422261  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  38.1 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1280  transcriptional regulator  28.16 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000081725  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  39.73 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3827  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000115432  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3644  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000015219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3534  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363382  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3552  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000156327  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3928  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000328023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3805  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78065e-19 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  44.93 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3840  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  41.46 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  41.46 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 256 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 256 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2067  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  48.78 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0752  transcriptional regulator, GntR family  36.23 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00012009  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  47.76 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0121  regulatory protein GntR, HTH  31.82 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000430087  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0126  regulatory protein GntR HTH  31.82 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0616081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  42.86 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  27.33 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  23.85 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 232 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  38.89 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  42.65 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  44.62 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1175  transcriptional regulator, GntR family  30.72 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.336656  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1596  GntR domain-containing protein  41.43 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387143  hitchhiker  0.00000232868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4448  histidine utilization repressor  26.81 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2625  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 		 295 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0476677  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  24.09 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 244 aa  53.1  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 233 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 129 aa  53.1  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1606  transcriptional regulator, GntR family  23.72 
 
 		 241 aa  53.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225231  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1556  transcriptional regulator, GntR family  23.73 
 
 		 248 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.868549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  40.7 
 
 		 252 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>