More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2681 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4043  general substrate transporter  87.9 
 
 		 452 aa  794    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3234  general substrate transporter  89.7 
 
 		 445 aa  806    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2681  general substrate transporter  100 
 
 		 438 aa  875    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31051 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0085  putative metabolite transport protein YaaU  67.35 
 
 		 468 aa  631  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0088  putative metabolite transport protein YaaU  67.58 
 
 		 468 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0086  putative metabolite transport protein YaaU  67.58 
 
 		 468 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.509383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0085  putative metabolite transport protein YaaU  67.35 
 
 		 468 aa  631  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0089  putative metabolite transport protein YaaU  67.58 
 
 		 468 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343682  normal  0.458255 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00049  predicted transporter  67.36 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3554  major facilitator superfamily MFS_1  67.36 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0049  major facilitator family transporter  67.13 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0051  major facilitator family transporter  67.36 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0047  major facilitator family transporter  67.36 
 
 		 443 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.454742 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00048  hypothetical protein  67.36 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0049  major facilitator family transporter  67.13 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3610  major facilitator transporter  67.36 
 
 		 443 aa  625  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0100231 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0578  general substrate transporter  67.58 
 
 		 458 aa  588  1e-167  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1829  General substrate transporter  55.05 
 
 		 480 aa  513  1e-144  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.392144  normal  0.18053 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2255  general substrate transporter  44.95 
 
 		 446 aa  390  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000684239  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0730  General substrate transporter  44.75 
 
 		 464 aa  391  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4111  major facilitator transporter  39.36 
 
 		 442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1373  major facilitator transporter  38.86 
 
 		 443 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2112  metabolite transporter  39.14 
 
 		 442 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151883  normal  0.38629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2828  major facilitator transporter  37.59 
 
 		 457 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6930  major facilitator superfamily MFS_1  36.19 
 
 		 460 aa  289  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09740  putative MFS transporter  41.51 
 
 		 442 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2467  major facilitator transporter  36.07 
 
 		 453 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1543  major facilitator transporter  36.47 
 
 		 452 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1652  general substrate transporter  36.47 
 
 		 452 aa  259  9e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1720  major facilitator transporter  36.47 
 
 		 452 aa  258  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0929915  hitchhiker  0.00114848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3321  major facilitator transporter  35.48 
 
 		 439 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2900  major facilitator family transporter  36.01 
 
 		 445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0278  major facilitator transporter  35.76 
 
 		 441 aa  244  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.672912  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02616  predicted transporter  35.32 
 
 		 445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3073  major facilitator family transporter  35.32 
 
 		 445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.392352  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0941  major facilitator transporter  35.32 
 
 		 445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02579  hypothetical protein  35.32 
 
 		 445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3102  major facilitator family transporter  35.32 
 
 		 445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000189575  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0917  major facilitator superfamily MFS_1  35.32 
 
 		 469 aa  243  5e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2911  major facilitator family transporter  35.32 
 
 		 445 aa  242  9e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3221  General substrate transporter  33.97 
 
 		 457 aa  236  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3468  General substrate transporter  36.07 
 
 		 468 aa  223  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1924  major facilitator superfamily MFS_1  35.21 
 
 		 465 aa  199  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2277  major facilitator family transporter  35.21 
 
 		 465 aa  199  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1641  major facilitator transporter  28.54 
 
 		 434 aa  182  7e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0119358  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1884  D-xylose proton-symporter  26.85 
 
 		 447 aa  182  9.000000000000001e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.326848  hitchhiker  0.0000000000014456 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2238  glucose transport protein  29.98 
 
 		 471 aa  175  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.154375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2894  General substrate transporter  31.44 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3296  major facilitator family transporter  31.44 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1633  general substrate transporter  29.78 
 
 		 476 aa  171  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.904084  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0712  general substrate transporter  29.16 
 
 		 463 aa  170  4e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0221085  hitchhiker  0.00000000000000199551 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1094  major facilitator transporter  29.38 
 
 		 427 aa  170  5e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2863  major facilitator superfamily MFS_1  28.77 
 
 		 423 aa  162  8.000000000000001e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.82901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0025  major facilitator family transporter  26.89 
 
 		 454 aa  156  7e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4572  General substrate transporter  30.54 
 
 		 477 aa  156  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0694  General substrate transporter  27.7 
 
 		 459 aa  155  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4638  major facilitator superfamily MFS_1  27.35 
 
 		 451 aa  154  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000178504  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1809  major facilitator family protein  26.18 
 
 		 499 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1484  major facilitator superfamily MFS_1  26.18 
 
 		 474 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.074526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1618  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 458 aa  152  2e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0471  putative iorganic phosphate transporter  28.64 
 
 		 441 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1718  phosphate transporter  28.41 
 
 		 443 aa  150  4e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.140032  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  28.95 
 
 		 457 aa  150  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0920  General substrate transporter  28.14 
 
 		 471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  28.74 
 
 		 450 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0341  major facilitator superfamily MFS_1  26.45 
 
 		 508 aa  143  5e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  29.44 
 
 		 480 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0602  major facilitator superfamily MFS_1  26.5 
 
 		 459 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1660  MFS family transporter  26.16 
 
 		 455 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5109  major facilitator transporter  27.07 
 
 		 474 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1482  major facilitator superfamily MFS_1  26.37 
 
 		 451 aa  140  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000115751  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3311  major facilitator transporter  27.07 
 
 		 474 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.799238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8056  major facilitator superfamily MFS_1  24.32 
 
 		 451 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19270  putative MFS transporter  25.94 
 
 		 455 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.149627  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  27.38 
 
 		 446 aa  139  7.999999999999999e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  28.64 
 
 		 477 aa  139  7.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3259  major facilitator transporter  27.07 
 
 		 474 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.331503  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  28.86 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5172  major facilitator transporter  26.98 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0809503 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3608  general substrate transporter  25.17 
 
 		 469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  29.49 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  28.7 
 
 		 448 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2255  major facilitator superfamily MFS_1  27.1 
 
 		 473 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2413  major facilitator transporter  26.16 
 
 		 447 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000787137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0727  phosphate transporter  26.21 
 
 		 442 aa  134  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0831  putative iorganic phosphate transporter  26.21 
 
 		 442 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1595  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  25.93 
 
 		 472 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5053  major facilitator superfamily MFS_1  25.49 
 
 		 472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.122247 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6611  major facilitator transporter  27.69 
 
 		 479 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.410873  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02027  metabolite transporter  25.17 
 
 		 476 aa  133  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5283  major facilitator transporter  25.82 
 
 		 463 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.591426  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0070  MFS permease  24.77 
 
 		 460 aa  133  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0539  major facilitator transporter  26.08 
 
 		 473 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1728  sugar transporter  24.72 
 
 		 468 aa  132  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0944862  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2879  General substrate transporter  27.65 
 
 		 465 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29790  sugar phosphate permease  24.43 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  27.93 
 
 		 442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  26.98 
 
 		 475 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0532  major facilitator family transporter  26.72 
 
 		 436 aa  131  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0672  sugar transporter  26.77 
 
 		 493 aa  131  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>