More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2268 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2268  signal transduction protein  100 
 
 		 152 aa  311  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3209  CBS domain-containing protein  69.53 
 
 		 143 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549448  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1158  CBS domain containing protein  69.53 
 
 		 143 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3209  CBS domain-containing protein  69.53 
 
 		 143 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3348  CBS domain-containing protein  69.53 
 
 		 143 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2811  CBS domain-containing protein  68.75 
 
 		 143 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1962  CBS domain-containing protein  67.42 
 
 		 136 aa  194  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.946  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1059  CBS domain-containing protein  67.19 
 
 		 143 aa  188  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1055  CBS domain-containing protein  67.19 
 
 		 143 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.53863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1120  CBS domain-containing protein  67.19 
 
 		 143 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3355  CBS domain-containing protein  63.08 
 
 		 134 aa  184  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1237  acetoin utilization protein AcuB, putative  62.5 
 
 		 143 aa  180  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2794  CBS domain-containing protein  63.28 
 
 		 142 aa  177  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.349051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3522  CBS domain-containing protein  66.41 
 
 		 134 aa  175  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0990  acetoin utilization protein AcuB, putative  64.89 
 
 		 140 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5608  signal transduction protein  48.03 
 
 		 151 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.606425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1342  putative acetoin utilization protein AcuB  46.51 
 
 		 149 aa  121  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1843  CBS domain-containing protein  49.24 
 
 		 181 aa  117  7e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0058  CBS domain containing membrane protein  43.08 
 
 		 140 aa  116  9e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2521  signal transduction protein  42.52 
 
 		 143 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02666  CBS domain containing membrane protein  39.53 
 
 		 139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3995  CBS domain-containing protein  42.4 
 
 		 133 aa  106  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1700  acetoin utilization protein AcuB, putative  36.43 
 
 		 133 aa  99.4  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0154068 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4877  putative acetoin utilization protein AcuB  36.84 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.492044  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2529  CBS domain containing protein  36.43 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.48063  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2625  CBS domain containing protein  36.43 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1330  signal transduction protein  36.43 
 
 		 146 aa  77.4  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0027  CBS domain containing protein  36.15 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.63793  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2437  signal transduction protein  33.33 
 
 		 166 aa  72  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.188385 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0937  putative signal transduction protein with CBS domains  31.2 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000079186  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1585  CBS domain containing protein  36.09 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0935  CBS domain-containing protein  32.28 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.872585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0566  CBS domain-containing protein  31.29 
 
 		 279 aa  68.2  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.565144  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2451  CBS domain containing membrane protein  32.31 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000150568  normal  0.0113314 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1126  putative signal transduction protein with CBS domains  30.71 
 
 		 143 aa  67  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0113  CBS domain containing protein  36.43 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4003  CBS domain-containing protein  28.68 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.360398 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2342  CBS domain-containing protein  29.77 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0768  CBS domain containing membrane protein  26.15 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.838909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0937  CBS domain-containing protein  35.94 
 
 		 232 aa  63.9  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.447969  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0302  signal transduction protein  32.31 
 
 		 282 aa  63.9  0.0000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.983478  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0268  hypothetical protein  32.54 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00882605  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  30.23 
 
 		 865 aa  63.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0413  putative signal transduction protein with CBS domains  29.46 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0401079 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2078  CBS  28.68 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000000050024  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  35.94 
 
 		 909 aa  63.2  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4458  CBS domain containing membrane protein  30.77 
 
 		 640 aa  62.8  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1312  signal transduction protein  29.92 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000000202163  decreased coverage  0.000166712 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2016  CBS domain-containing protein  31.78 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1760  CBS domain-containing protein  30.47 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000000218135  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0552  putative signal transduction protein with CBS domains  30.71 
 
 		 250 aa  62  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.168262  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1323  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 153 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.805809  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1915  CBS domain-containing protein  35.38 
 
 		 223 aa  62  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.451224  unclonable  0.00000680839 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1387  CBS domain containing protein  30.4 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  28 
 
 		 845 aa  61.2  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  28.24 
 
 		 867 aa  60.8  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2162  Cl- channel, voltage gated  28.91 
 
 		 862 aa  60.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.30551 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1256  signal-transduction protein  29.01 
 
 		 210 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1697  CBS domain-containing protein  31.75 
 
 		 615 aa  60.8  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4941  CBS domain containing protein  29.77 
 
 		 208 aa  60.8  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0382465  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1013  CBS domain-containing protein  32.81 
 
 		 216 aa  60.5  0.000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0086429  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2076  signal-transduction protein  35.2 
 
 		 202 aa  60.8  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.250965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3316  CBS domain-containing protein  31.15 
 
 		 144 aa  60.5  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00011902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1703  CBS domain containing membrane protein  32.17 
 
 		 148 aa  60.5  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.311156  normal  0.0624027 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3779  CBS domain-containing protein  35 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal  0.116222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2791  hypothetical protein  31.75 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402578  normal  0.193338 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1383  signal transduction protein  29.46 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.56563 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  34.74 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1650  signal-transduction protein  32.63 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  26.85 
 
 		 432 aa  58.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.97 
 
 		 903 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2667  CBS domain containing protein  29.71 
 
 		 313 aa  58.9  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.13324  normal  0.574702 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3565  CBS domain-containing protein  27.2 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0490  signal transduction protein  27.15 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2632  CBS domain containing protein  28.24 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.231798  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1577  AcuB family protein  27.13 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1660  CBS domain containing protein  25.76 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0113728 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1797  CBS domain-containing protein  27.21 
 
 		 279 aa  58.5  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.966854  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2229  CBS domain-containing protein  26.87 
 
 		 313 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1990  CBS domain containing protein  24.24 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0709  CBS domain containing protein  33.59 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2097  CBS domain containing protein  31.3 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1524  signal transduction protein  31.78 
 
 		 212 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0592801 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1533  CBS domain containing membrane protein  30.3 
 
 		 223 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.279871  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1605  CBS domain-containing protein  28.79 
 
 		 215 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0962  putative signal transduction protein with CBS domains  31.01 
 
 		 208 aa  57.8  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.55358  normal  0.0758366 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0947  CBS domain containing protein  32.06 
 
 		 216 aa  57.8  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0017149 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0692  CBS domain-containing protein  30.3 
 
 		 636 aa  57.8  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0317  CBS domain-containing protein  27.7 
 
 		 394 aa  58.2  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  29.01 
 
 		 769 aa  57.8  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2769  CBS domain containing protein  31.58 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3944  signal-transduction protein  26.4 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.898238  normal  0.165624 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1916  CBS domain containing membrane protein  31.82 
 
 		 219 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.683041  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0527  CBS domain containing protein  29.6 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6852  putative signal transduction protein with CBS domains  33.59 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0339  CBS domain-containing protein  30.34 
 
 		 279 aa  57.4  0.00000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.436853  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0833  CBS domain-containing protein  30.23 
 
 		 211 aa  57.4  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2437  hypothetical protein  29.37 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0917  CBS domain-containing protein  33 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1358  hypothetical protein  31.58 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.512036  normal  0.639451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>