More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3355 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3355  CBS domain-containing protein  100 
 
 
134 aa  273  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3522  CBS domain-containing protein  75.19 
 
 
134 aa  217  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2794  CBS domain-containing protein  73.88 
 
 
142 aa  216  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.349051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0990  acetoin utilization protein AcuB, putative  69.63 
 
 
140 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3209  CBS domain-containing protein  66.92 
 
 
143 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3348  CBS domain-containing protein  66.92 
 
 
143 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1158  CBS domain containing protein  66.92 
 
 
143 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3209  CBS domain-containing protein  66.92 
 
 
143 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1237  acetoin utilization protein AcuB, putative  67.67 
 
 
143 aa  194  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2811  CBS domain-containing protein  65.41 
 
 
143 aa  192  9e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1120  CBS domain-containing protein  66.92 
 
 
143 aa  193  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1059  CBS domain-containing protein  66.92 
 
 
143 aa  191  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1055  CBS domain-containing protein  65.41 
 
 
143 aa  189  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.53863  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2268  signal transduction protein  63.08 
 
 
152 aa  184  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1962  CBS domain-containing protein  60 
 
 
136 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.946  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5608  signal transduction protein  48.12 
 
 
151 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.606425  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1342  putative acetoin utilization protein AcuB  46.56 
 
 
149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0058  CBS domain containing membrane protein  46.15 
 
 
140 aa  127  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1843  CBS domain-containing protein  44.27 
 
 
181 aa  121  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2521  signal transduction protein  39.1 
 
 
143 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02666  CBS domain containing membrane protein  39.37 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1700  acetoin utilization protein AcuB, putative  41.73 
 
 
133 aa  111  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0154068 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3995  CBS domain-containing protein  40.62 
 
 
133 aa  104  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4877  putative acetoin utilization protein AcuB  37.69 
 
 
141 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.492044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0027  CBS domain containing protein  33.07 
 
 
210 aa  78.6  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.63793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0935  CBS domain-containing protein  34.35 
 
 
225 aa  78.6  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.872585  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2342  CBS domain-containing protein  33.33 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2625  CBS domain containing protein  35.66 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2529  CBS domain containing protein  35.66 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.48063  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2437  signal transduction protein  34.88 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.188385 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1330  signal transduction protein  35.66 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1126  putative signal transduction protein with CBS domains  31.78 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2229  CBS domain-containing protein  33.33 
 
 
313 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  32.56 
 
 
865 aa  68.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0768  CBS domain containing membrane protein  26.52 
 
 
138 aa  68.2  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.838909  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0243  signal transduction protein  29.71 
 
 
155 aa  67.8  0.00000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2962  putative signal transduction protein with CBS domains  37.89 
 
 
145 aa  67.4  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2668  CBS domain containing membrane protein  33.08 
 
 
277 aa  67.4  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.204246  normal  0.569108 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0916  CBS domain-containing protein  32.03 
 
 
225 aa  67.4  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0373364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2437  hypothetical protein  32.54 
 
 
147 aa  66.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0302  signal transduction protein  30.3 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.983478  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0490  signal transduction protein  29.61 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  34.68 
 
 
845 aa  65.9  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0100  putative signal transduction protein with CBS domains  35.79 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1013  CBS domain-containing protein  35.2 
 
 
216 aa  65.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0086429  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3778  CBS domain-containing protein  32.81 
 
 
225 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.857066  normal  0.425445 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0552  putative signal transduction protein with CBS domains  28.91 
 
 
250 aa  65.1  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.168262  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0413  putative signal transduction protein with CBS domains  27.13 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0401079 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0113  CBS domain containing protein  34.62 
 
 
216 aa  65.1  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0937  CBS domain-containing protein  34.38 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.447969  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2357  cyclic nucleotide-binding protein  33.08 
 
 
615 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1660  CBS domain containing protein  29.55 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0113728 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3404  signal transduction protein  33.33 
 
 
212 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.843193  normal  0.543078 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1889  signal transduction protein  29.8 
 
 
152 aa  64.7  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.617772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1990  CBS domain containing protein  29.55 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0269  signal transduction protein  36.56 
 
 
688 aa  63.9  0.0000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1136  signal transduction protein  34.58 
 
 
214 aa  63.9  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4003  CBS domain-containing protein  25.98 
 
 
140 aa  63.9  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.360398 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0264  signal protein  32.31 
 
 
614 aa  63.9  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2097  CBS domain containing protein  26.92 
 
 
209 aa  63.5  0.0000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0709  CBS domain containing protein  31.78 
 
 
214 aa  63.5  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1697  CBS domain-containing protein  32.31 
 
 
615 aa  63.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0576  putative signal transduction protein with CBS domains  28.67 
 
 
152 aa  63.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.134096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1447  Cl- channel voltage-gated family protein  27.94 
 
 
598 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000054528  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2369  cyclic nucleotide-binding protein  29.23 
 
 
615 aa  63.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0917  CBS domain-containing protein  34.69 
 
 
162 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1797  CBS domain-containing protein  28.79 
 
 
279 aa  63.5  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.966854  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0303  signal transduction protein  27.74 
 
 
320 aa  63.2  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.123815  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0381  CBS domain-containing protein  29.01 
 
 
688 aa  63.2  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0243844 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4941  CBS domain containing protein  27.13 
 
 
208 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0382465  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2906  signal transduction protein  26.52 
 
 
291 aa  62.4  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1605  CBS domain-containing protein  26.36 
 
 
215 aa  62.4  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2667  CBS domain containing protein  28.68 
 
 
313 aa  62  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.13324  normal  0.574702 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1197  signal-transduction protein  31.75 
 
 
280 aa  62  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.749795  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1760  CBS domain-containing protein  26.09 
 
 
279 aa  62  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000000218135  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2707  signal-transduction protein  28.81 
 
 
141 aa  62  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0937  putative signal transduction protein with CBS domains  32.11 
 
 
214 aa  62  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000079186  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3316  CBS domain-containing protein  48.98 
 
 
144 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00011902  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  27.13 
 
 
867 aa  61.6  0.000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2162  Cl- channel, voltage gated  30.16 
 
 
862 aa  61.6  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.30551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  34.74 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3557  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  29.13 
 
 
605 aa  61.2  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1332  signal-transduction protein  30.83 
 
 
139 aa  61.6  0.000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.660277  normal  0.443449 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1323  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
153 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.805809  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0692  CBS domain-containing protein  31.06 
 
 
636 aa  61.2  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  32.52 
 
 
877 aa  61.2  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0447  signal-transduction protein  39.34 
 
 
145 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.285729  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3779  CBS domain-containing protein  33.67 
 
 
162 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal  0.116222 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1844  CBS domain-containing protein  36.56 
 
 
688 aa  60.5  0.000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2260  CBS domain-containing protein  30.82 
 
 
150 aa  60.5  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000586041  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1312  signal transduction protein  27.13 
 
 
142 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000000202163  decreased coverage  0.000166712 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2648  CBS domain containing membrane protein  29.6 
 
 
154 aa  60.5  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00940  CBS domain containing protein  30.23 
 
 
262 aa  60.1  0.000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000126291  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1253  CBS domain-containing protein  27.7 
 
 
150 aa  60.5  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.515572 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5550  signal-transduction protein  27.73 
 
 
153 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  28.46 
 
 
432 aa  60.1  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3943  signal-transduction protein  26.89 
 
 
153 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.69222 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3944  signal-transduction protein  27.2 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.898238  normal  0.165624 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1759  CBS domain-containing protein  25.38 
 
 
258 aa  60.1  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000639425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1524  CBS domain-containing protein  35.94 
 
 
618 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>