More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1660 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1660  CBS domain containing protein  100 
 
 
151 aa  311  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0113728 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1990  CBS domain containing protein  99.34 
 
 
151 aa  310  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1563  hypothetical protein  88.08 
 
 
151 aa  279  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1254  CBS  81.21 
 
 
148 aa  249  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.378403  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1358  hypothetical protein  79.33 
 
 
153 aa  247  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.512036  normal  0.639451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2769  CBS domain containing protein  78 
 
 
153 aa  244  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1571  CBS domain-containing protein  78.77 
 
 
165 aa  242  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249229  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1135  signal-transduction protein  78.23 
 
 
151 aa  241  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1523  signal-transduction protein  71.92 
 
 
157 aa  225  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1679  CBS domain containing protein  72.11 
 
 
146 aa  224  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1379  CBS domain-containing protein  72.3 
 
 
151 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.925152  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1339  XRE family transcriptional regulator  72.3 
 
 
151 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258542  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4603  XRE family transcriptional regulator  72.3 
 
 
151 aa  217  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.545277  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1436  CBS domain-containing protein  72.3 
 
 
151 aa  217  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2616  CBS domain-containing protein  70.67 
 
 
154 aa  217  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0976  XRE family transcriptional regulator  72.3 
 
 
151 aa  217  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1458  XRE family transcriptional regulator  72.3 
 
 
151 aa  217  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.867241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1791  XRE family transcriptional regulator  71.62 
 
 
151 aa  216  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166267  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1423  hypothetical protein  68.03 
 
 
154 aa  214  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0944  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1864  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0408714  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0404  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1710  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351573  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1687  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0759  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0525231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1478  CBS domain-containing protein  69.33 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4205  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2757  CBS domain-containing protein  66.67 
 
 
151 aa  213  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.212289  normal  0.140067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1837  CBS domain-containing protein  66.67 
 
 
155 aa  212  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2996  XRE family transcriptional regulator  67.35 
 
 
150 aa  210  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.182406 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1657  XRE family transcriptional regulator  66.22 
 
 
151 aa  208  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2047  CBS domain containing protein  66.22 
 
 
151 aa  208  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.106122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4959  CBS domain-containing protein  68.28 
 
 
150 aa  208  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3779  XRE family transcriptional regulator  67.12 
 
 
146 aa  208  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.797629 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0978  CBS domain-containing protein  66.44 
 
 
151 aa  203  7e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0870  CBS domain containing protein  67.12 
 
 
151 aa  202  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.258061  normal  0.509671 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0857  CBS  60.27 
 
 
149 aa  186  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.20755e-23  unclonable  0.0000000599831 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3078  CBS domain containing protein  51.33 
 
 
149 aa  165  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1489  CBS  43.79 
 
 
239 aa  140  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1844  hypothetical protein  38.62 
 
 
144 aa  120  9e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0100  putative signal transduction protein with CBS domains  35.51 
 
 
143 aa  92.8  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2962  putative signal transduction protein with CBS domains  36.23 
 
 
145 aa  92.4  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2153  signal-transduction protein  35.46 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.268313  normal  0.0990163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  36.3 
 
 
145 aa  88.2  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3271  putative signal-transduction protein with CBS domains  35.21 
 
 
143 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00311988 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2661  signal-transduction protein  34.29 
 
 
177 aa  84  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63207  normal  0.665873 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2360  signal-transduction protein  35.46 
 
 
142 aa  83.6  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0426332  normal  0.516588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0225  CBS domain-containing protein  33.8 
 
 
145 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.791993 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0202  CBS domain-containing protein  33.8 
 
 
145 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.025801  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0335  hypothetical protein  34.04 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3231  signal-transduction protein  36.88 
 
 
143 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00933533  normal  0.19525 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4123  signal-transduction protein  36.3 
 
 
153 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00087962  normal  0.0202046 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03090  CBS domain-containing protein  34.04 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.17742  hitchhiker  0.000000481482 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1387  CBS domain containing protein  30.61 
 
 
148 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0527  CBS domain containing protein  32.31 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3686  CBS domain containing protein  31.88 
 
 
142 aa  81.3  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.364538  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5408  putative signal transduction protein with CBS domains  34.75 
 
 
146 aa  81.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000447829  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3635  signal-transduction protein  34.93 
 
 
153 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295786  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4732  signal-transduction protein  34.93 
 
 
153 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820406  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4587  signal-transduction protein  35.62 
 
 
153 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00378118  hitchhiker  0.00177049 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5550  signal-transduction protein  34.93 
 
 
153 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1026  signal-transduction protein  34.93 
 
 
153 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0490462 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1616  putative CBS domain-containing signal transduction protein  29.79 
 
 
142 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2247  putative signal transduction protein with CBS domains  29.08 
 
 
142 aa  79.7  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000297093  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0859  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 
170 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3897  CBS domain containing protein  34.04 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3943  signal-transduction protein  34.25 
 
 
153 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.69222 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0040  CBS  31.01 
 
 
146 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847902  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3268  CBS domain-containing protein  32.59 
 
 
142 aa  77.8  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0228  CBS domain-containing protein  31.69 
 
 
145 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0233  putative signal transduction protein with CBS domains  31.58 
 
 
140 aa  77  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.193926  normal  0.17761 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0447  signal-transduction protein  35.78 
 
 
145 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.285729  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1515  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
153 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1852  putative signal transduction protein with CBS domains  34.53 
 
 
144 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260866  normal  0.0125119 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0013  signal-transduction protein  32.17 
 
 
147 aa  76.3  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.371187  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3907  signal-transduction protein  30.99 
 
 
142 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184794  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2219  putative signal-transduction protein with CBS domains  34.04 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0827472 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1290  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427954  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1350  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0725634  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3056  putative signal-transduction protein with CBS domains  32.37 
 
 
143 aa  75.5  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185367  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2480  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0957  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2374  signal-transduction protein  34.29 
 
 
146 aa  75.9  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.425597  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1218  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0334  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0612  CBS domain-containing protein  33.78 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.735232  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0774  putative signal transduction protein with CBS domains  32.17 
 
 
143 aa  75.1  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5213  hypothetical protein  30.5 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal  0.0487848 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0631  signal-transduction protein  30.22 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0667586  normal  0.341746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2537  putative signal transduction protein with CBS domains  33.33 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.482232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2262  CBS domain-containing protein  33.33 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.175418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2052  putative signal transduction protein with CBS domains  33.81 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1107  signal-transduction protein  33.81 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3725  signal-transduction protein  32.62 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1650  signal-transduction protein  30.5 
 
 
141 aa  73.6  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1409  signal-transduction protein  33.09 
 
 
146 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2620  CBS domain protein  33.33 
 
 
146 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0272  CBS domain-containing protein  31.69 
 
 
145 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1321  hypothetical protein  29.29 
 
 
142 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4635  signal-transduction protein  31.21 
 
 
143 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal  0.318433 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0420  signal-transduction protein  35 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>