More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3001 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 		 370 aa  753    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3732  putative regulator of cell autolysis-like  32.67 
 
 		 726 aa  175  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.55783  normal  0.877346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  37.74 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2907  signal transduction histidine kinase, LytS  30.79 
 
 		 362 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  28.77 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 394 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1526  signal transduction histidine kinase, LytS  37.12 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  33.88 
 
 		 349 aa  136  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  37.82 
 
 		 361 aa  132  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  36.06 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  35.24 
 
 		 482 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  35.38 
 
 		 367 aa  126  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 		 357 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 388 aa  123  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0245  signal transduction histidine kinase, LytS  29.2 
 
 		 584 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  33.66 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  30.38 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0251  5TM Receptors of the LytS-YhcK type transmembrane region  29.2 
 
 		 584 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  30.97 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  33.64 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  37.82 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  32.13 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  39 
 
 		 358 aa  119  9e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  31.86 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  27.33 
 
 		 374 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0978  signal transduction histidine kinase, LytS  38.76 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251166 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  29.91 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  31.28 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  29.06 
 
 		 491 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2140  histidine kinase internal region  31.47 
 
 		 564 aa  116  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6677  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 344 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  32.88 
 
 		 377 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  29.47 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  34.42 
 
 		 369 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0115  signal transduction histidine kinase, LytS  35.84 
 
 		 552 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.368367  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  33.96 
 
 		 831 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 		 446 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1480  signal transduction histidine kinase, LytS  34.65 
 
 		 557 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336148  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  27.94 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  29.76 
 
 		 381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  31.49 
 
 		 352 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 		 422 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2822  sensor histidine kinase  35.75 
 
 		 560 aa  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  32.65 
 
 		 362 aa  113  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2134  signal transduction histidine kinase, LytS  29.77 
 
 		 387 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  35.86 
 
 		 558 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  29.24 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  27.99 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2593  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 560 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0091271  hitchhiker  0.0052142 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0216  histidine kinase internal region  34.87 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1843  signal transduction histidine kinase, LytS  31.62 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.81791 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3719  sensor histidine kinase  34.09 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03032  histidine kinase family  32.09 
 
 		 262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  31.63 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2431  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 560 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000324417  normal  0.0100076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2501  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 560 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.443565  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0420  signal transduction histidine kinase, LytS  31.36 
 
 		 419 aa  110  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211986 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  32.84 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  32.84 
 
 		 341 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  33.5 
 
 		 338 aa  109  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  30.66 
 
 		 565 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.125544 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2061  signal transduction histidine kinase, LytS  34.36 
 
 		 350 aa  109  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  33.68 
 
 		 345 aa  109  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  30.51 
 
 		 414 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  32.09 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3230  signal transduction histidine kinase, LytS  30.51 
 
 		 364 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  31.96 
 
 		 379 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1837  signal transduction histidine kinase, LytS  28.24 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.230047  normal  0.631331 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6103  signal transduction histidine kinase, LytS  31.88 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  30.66 
 
 		 559 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0857  signal transduction histidine kinase, LytS  28.52 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  30.66 
 
 		 565 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  30.66 
 
 		 565 aa  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  31.28 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  30.66 
 
 		 565 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  30.66 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  30.66 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  30.66 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  30.66 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  30.66 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  30.92 
 
 		 580 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  35.44 
 
 		 364 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4283  signal transduction histidine kinase, LytS  33.84 
 
 		 349 aa  107  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.479453  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0825  signal transduction histidine kinase, LytS  31 
 
 		 353 aa  107  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  31.6 
 
 		 642 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  31.17 
 
 		 410 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3727  signal transduction histidine kinase, LytS  31.84 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.330539 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  32.8 
 
 		 366 aa  106  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  26.65 
 
 		 393 aa  106  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0148  putative sensor with HAMP domain  33.97 
 
 		 594 aa  107  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  33.65 
 
 		 380 aa  106  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  34.5 
 
 		 569 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2660  signal transduction histidine kinase, LytS  33.78 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2684  signal transduction histidine kinase, LytS  35.82 
 
 		 565 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.287497  hitchhiker  0.00116896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1659  signal transduction histidine kinase, LytS  35.82 
 
 		 565 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000213246  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1696  signal transduction histidine kinase, LytS  35.82 
 
 		 565 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0311025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0764  histidine kinase internal region  30.04 
 
 		 582 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.294756 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11998  hypothetical protein  36.9 
 
 		 454 aa  105  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.899904  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4085  signal transduction histidine kinase, LytS  31.8 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650553  hitchhiker  0.00778785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>