More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2973 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 369 aa  746    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  58.31 
 
 		 374 aa  413  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  57.1 
 
 		 381 aa  396  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  40.28 
 
 		 360 aa  271  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  40.11 
 
 		 357 aa  257  3e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  36.29 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  36.24 
 
 		 379 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  35.45 
 
 		 380 aa  199  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  32.22 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3719  sensor histidine kinase  32.51 
 
 		 392 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  40.68 
 
 		 642 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  39.91 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  39.66 
 
 		 586 aa  160  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  36 
 
 		 366 aa  159  9e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 		 388 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  37.59 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  38.79 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  37.44 
 
 		 390 aa  150  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  36 
 
 		 420 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 		 422 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  35.45 
 
 		 607 aa  142  9e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 		 446 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 		 394 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  32.4 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  29.71 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  31.08 
 
 		 393 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1380  histidine kinase internal region  37.25 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.837243 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1178  histidine kinase internal region  34.38 
 
 		 414 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.83 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3912  signal transduction histidine kinase, LytS  38.54 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1541  histidine kinase internal region  38.11 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.441637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  39.44 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4086  signal transduction histidine kinase, LytS  33.8 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  30.94 
 
 		 491 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  35.91 
 
 		 576 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0918  histidine kinase  37.26 
 
 		 443 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1959  histidine kinase  34.22 
 
 		 414 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  36.45 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0978  signal transduction histidine kinase, LytS  40.58 
 
 		 345 aa  123  5e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251166 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  31.3 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  38.16 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1113  signal transduction histidine kinase, LytS  32.09 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.981525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  30.66 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  33.49 
 
 		 558 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  34.09 
 
 		 374 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  34.36 
 
 		 561 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 		 357 aa  119  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  32.43 
 
 		 410 aa  120  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  34.36 
 
 		 561 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  36.49 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  34.36 
 
 		 561 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  34.36 
 
 		 561 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  34.36 
 
 		 561 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  35.53 
 
 		 569 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  36.28 
 
 		 403 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  34.63 
 
 		 576 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02013  hypothetical protein  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0103  signal transduction histidine kinase, LytS  32.05 
 
 		 495 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  33.01 
 
 		 561 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  34.25 
 
 		 566 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  32.67 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  27.35 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  32.07 
 
 		 482 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3113  sensor histidine kinase  32.54 
 
 		 561 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  31.54 
 
 		 450 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3044  signal transduction histidine kinase, LytS  34.4 
 
 		 438 aa  117  3.9999999999999997e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0866  sensor histidine kinase  33.01 
 
 		 561 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 		 502 aa  116  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2328  signal transduction histidine kinase, LytS  33.78 
 
 		 565 aa  116  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0659282  normal  0.34431 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 580 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  34.42 
 
 		 370 aa  116  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1567  signal transduction histidine kinase, LytS  37 
 
 		 1016 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0336431  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  30.74 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0420  signal transduction histidine kinase, LytS  33.48 
 
 		 419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211986 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0115  signal transduction histidine kinase, LytS  34.48 
 
 		 552 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.368367  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  37.5 
 
 		 558 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  32.5 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  35.29 
 
 		 563 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  28.87 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3774  signal transduction histidine kinase, LytS  31.91 
 
 		 446 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.469079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  33.81 
 
 		 558 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  31.49 
 
 		 465 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  34.95 
 
 		 394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  33.02 
 
 		 563 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  31.44 
 
 		 568 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3306  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 		 483 aa  113  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1966  sensor histidine kinase  32.79 
 
 		 389 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  34.29 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6581  signal transduction histidine kinase, LytS  35.38 
 
 		 541 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2907  signal transduction histidine kinase, LytS  30.46 
 
 		 362 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00390  putative regulator of cell autolysis  36.82 
 
 		 431 aa  112  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.848872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2094  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase internal region:5TM Receptors of the LytS-YhcK type, transmembrane region  30.59 
 
 		 577 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  33.51 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  33.51 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  33.51 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>