More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3090 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  100 
 
 		 349 aa  680    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  53.11 
 
 		 347 aa  290  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  51.62 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  53.01 
 
 		 354 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  53.61 
 
 		 318 aa  270  4e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  50.61 
 
 		 352 aa  260  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  49.29 
 
 		 355 aa  252  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  49.01 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  50.15 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  51.71 
 
 		 372 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  50.77 
 
 		 384 aa  239  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  41.6 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  44.06 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  36.89 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  45.32 
 
 		 358 aa  159  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  41.67 
 
 		 364 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  35.12 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  41.01 
 
 		 372 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.22 
 
 		 446 aa  142  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  39.92 
 
 		 346 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  35.93 
 
 		 367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  41.34 
 
 		 358 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  41.9 
 
 		 358 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  34.32 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  41.34 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  41.03 
 
 		 556 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  39.66 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  42.11 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  41.18 
 
 		 560 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  39.11 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.86 
 
 		 357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  39.42 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  39.42 
 
 		 341 aa  129  6e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  41.48 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  40.38 
 
 		 556 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  35.48 
 
 		 491 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  35.75 
 
 		 346 aa  126  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  35.19 
 
 		 576 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 		 394 aa  123  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  35.81 
 
 		 369 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  32.61 
 
 		 357 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  38.86 
 
 		 362 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0978  signal transduction histidine kinase, LytS  34.67 
 
 		 345 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4847  signal transduction histidine kinase, LytS  34.13 
 
 		 382 aa  122  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.716218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3169  signal transduction histidine kinase, LytS  42.13 
 
 		 560 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  38.79 
 
 		 831 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3061  signal transduction histidine kinase, LytS  42.13 
 
 		 560 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  34.03 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  31.84 
 
 		 482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  36.36 
 
 		 576 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  32.35 
 
 		 377 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3417  signal transduction histidine kinase, LytS  41.88 
 
 		 559 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.076956 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  35.94 
 
 		 645 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  38.22 
 
 		 389 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  36.07 
 
 		 561 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  28.97 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  36.17 
 
 		 374 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  34.6 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  37.02 
 
 		 374 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  37.36 
 
 		 403 aa  116  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  35.24 
 
 		 465 aa  116  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  38.95 
 
 		 349 aa  116  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  35.1 
 
 		 572 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  35.87 
 
 		 576 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  35.1 
 
 		 572 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  34.39 
 
 		 556 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  37.27 
 
 		 558 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  32.66 
 
 		 580 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  35 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  36.14 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  32.24 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  38.95 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2452  signal transduction histidine kinase, LytS  31.98 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00298598  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 		 384 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2453  histidine kinase internal protein  33.61 
 
 		 568 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278514  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0276  signal transduction histidine kinase, LytS  32.55 
 
 		 561 aa  113  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  37.01 
 
 		 428 aa  113  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  36.96 
 
 		 568 aa  113  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1441  signal transduction histidine kinase, LytS  35.29 
 
 		 559 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.645903  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.65 
 
 		 414 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  30 
 
 		 361 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  40.13 
 
 		 572 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0764  histidine kinase internal region  35.78 
 
 		 582 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.294756 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  37.82 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  34.34 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0420  signal transduction histidine kinase, LytS  40 
 
 		 419 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211986 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  38.74 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3404  signal transduction histidine kinase, LytS  34.08 
 
 		 563 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.823402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3378  signal transduction histidine kinase, LytS  37.2 
 
 		 394 aa  110  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0146  signal transduction histidine kinase, LytS  34.38 
 
 		 565 aa  110  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.889074  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  35.07 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4588  signal transduction histidine kinase, LytS  36.15 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  28.18 
 
 		 340 aa  109  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 578 aa  109  9.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  40.35 
 
 		 420 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  36.82 
 
 		 408 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4117  sensor histidine kinase  33.85 
 
 		 565 aa  108  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.645201 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0848  histidine kinase internal region  33.88 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  31.58 
 
 		 408 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>