More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0064 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  96.11 
 
 		 360 aa  663    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  100 
 
 		 360 aa  723    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  73.61 
 
 		 360 aa  483  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  72.55 
 
 		 358 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  72.55 
 
 		 358 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  46.02 
 
 		 372 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.77 
 
 		 346 aa  239  6.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  41.54 
 
 		 364 aa  227  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.39 
 
 		 343 aa  226  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  40 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  40.06 
 
 		 341 aa  187  4e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  39.63 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  38.95 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  37.59 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  43.75 
 
 		 341 aa  169  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  34.26 
 
 		 346 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  32.56 
 
 		 367 aa  158  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  38.02 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  39.66 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  42.35 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  33.56 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  38.31 
 
 		 578 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  34.88 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  43.01 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  37.62 
 
 		 576 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  41.18 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  34.87 
 
 		 369 aa  126  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  40.1 
 
 		 354 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  43.9 
 
 		 355 aa  123  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  43.9 
 
 		 355 aa  123  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  44.57 
 
 		 384 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  31.78 
 
 		 576 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 		 446 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  40.78 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0064  signal transduction histidine kinase, LytS  34.2 
 
 		 428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  31.48 
 
 		 465 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  34.81 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  33.7 
 
 		 394 aa  114  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  37.02 
 
 		 361 aa  114  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  33.17 
 
 		 575 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  33.49 
 
 		 403 aa  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3378  signal transduction histidine kinase, LytS  35.79 
 
 		 394 aa  112  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  31.22 
 
 		 426 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  40 
 
 		 567 aa  112  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  37.99 
 
 		 491 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  29.91 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  30.99 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2857  ATP-binding region, ATPase-like  35.35 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2433  signal transduction histidine kinase, LytS  32.86 
 
 		 558 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618184  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  31.65 
 
 		 450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  34.43 
 
 		 455 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  32.8 
 
 		 563 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  33.5 
 
 		 576 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 		 357 aa  110  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  37.06 
 
 		 390 aa  109  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2328  signal transduction histidine kinase, LytS  32.99 
 
 		 565 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0659282  normal  0.34431 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  31.94 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  28.57 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1376  signal transduction histidine kinase, LytS  30.58 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  34.07 
 
 		 374 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0700  histidine kinase internal region  32.39 
 
 		 402 aa  107  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  35.6 
 
 		 391 aa  106  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  29.1 
 
 		 410 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  40.44 
 
 		 572 aa  106  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  39.43 
 
 		 586 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  33.87 
 
 		 374 aa  106  8e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 557 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1329  signal transduction histidine kinase LytS  30.29 
 
 		 432 aa  105  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.268235  normal  0.0194209 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  34.3 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  33.04 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  35.06 
 
 		 556 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3044  signal transduction histidine kinase, LytS  31.25 
 
 		 438 aa  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  39.86 
 
 		 603 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1401  histidine kinase  34.94 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  34.54 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  30.25 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  32.55 
 
 		 558 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1394  signal transduction histidine kinase, LytS  32.07 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000264266 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0196  histidine kinase  34.94 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.918677  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0472  histidine kinase  34.94 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1103  histidine kinase  34.94 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0280712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  39.07 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  34.34 
 
 		 408 aa  104  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1228  histidine kinase  34.94 
 
 		 449 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.544927  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  40.58 
 
 		 568 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4050  signal transduction histidine kinase, LytS  34.54 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4125  signal transduction histidine kinase, LytS  34.54 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.489404  normal  0.628392 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 580 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4279  signal transduction histidine kinase, LytS  34.54 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3404  signal transduction histidine kinase, LytS  35.39 
 
 		 563 aa  104  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.823402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  39.26 
 
 		 557 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  39.26 
 
 		 557 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  32.63 
 
 		 556 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  30.35 
 
 		 558 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  38.69 
 
 		 557 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  31.96 
 
 		 561 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  41.32 
 
 		 556 aa  103  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  31.96 
 
 		 561 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  32.82 
 
 		 428 aa  103  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  31.55 
 
 		 563 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>