More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0479 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  100 
 
 		 380 aa  786    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  42.01 
 
 		 377 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3719  sensor histidine kinase  43.22 
 
 		 392 aa  305  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  37.7 
 
 		 360 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  38.24 
 
 		 358 aa  240  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  38.03 
 
 		 381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  36.59 
 
 		 357 aa  232  7.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  34.85 
 
 		 379 aa  208  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  35.62 
 
 		 369 aa  203  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  42.04 
 
 		 374 aa  193  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  39.83 
 
 		 642 aa  159  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  40.34 
 
 		 389 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  36.55 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  35.92 
 
 		 586 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  41.62 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  39.45 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  40.55 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  28.18 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  36.97 
 
 		 491 aa  140  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  32.89 
 
 		 393 aa  140  4.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 		 446 aa  139  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  33.18 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3912  signal transduction histidine kinase, LytS  35.71 
 
 		 382 aa  136  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1113  signal transduction histidine kinase, LytS  29.84 
 
 		 370 aa  135  8e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.981525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3774  signal transduction histidine kinase, LytS  38.61 
 
 		 446 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.469079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  34.76 
 
 		 578 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  29.57 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1178  histidine kinase internal region  35.32 
 
 		 414 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  36.07 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4117  sensor histidine kinase  32.93 
 
 		 565 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.645201 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1959  histidine kinase  35.48 
 
 		 414 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  33.21 
 
 		 342 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 		 384 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.98 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4007  sensor histidine kinase  32.93 
 
 		 565 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0146  signal transduction histidine kinase, LytS  32.52 
 
 		 565 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.889074  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  33.49 
 
 		 576 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  32.39 
 
 		 580 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  36.91 
 
 		 482 aa  126  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1541  histidine kinase internal region  31.48 
 
 		 303 aa  125  9e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.441637 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  37.61 
 
 		 465 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  35.89 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  33.66 
 
 		 403 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  29.63 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  33.8 
 
 		 350 aa  123  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  34.95 
 
 		 450 aa  122  9e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  35.02 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0918  histidine kinase  34.27 
 
 		 443 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  34.07 
 
 		 575 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  35.12 
 
 		 645 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 		 422 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  35.19 
 
 		 410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  34.32 
 
 		 572 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  34.32 
 
 		 572 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  34.42 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  33.04 
 
 		 420 aa  120  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2170  signal transduction histidine kinase, LytS  32.52 
 
 		 581 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.041747  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  33.46 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  33.46 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  33.46 
 
 		 559 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  33.46 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  32.54 
 
 		 568 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  34.6 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4086  signal transduction histidine kinase, LytS  31.27 
 
 		 412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1878  signal transduction histidine kinase, LytS  31.89 
 
 		 581 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.770711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  33.46 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  33.46 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  33.46 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  33.46 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  33.46 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  33.18 
 
 		 408 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1582  signal transduction histidine kinase, LytS  33.18 
 
 		 498 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0045193  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  28.63 
 
 		 603 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2792  signal transduction histidine kinase, LytS  35.89 
 
 		 564 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000275265  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3044  signal transduction histidine kinase, LytS  34.09 
 
 		 438 aa  116  5e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2551  signal transduction histidine kinase, LytS  32.5 
 
 		 600 aa  116  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  32.27 
 
 		 394 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  32.24 
 
 		 576 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  33.64 
 
 		 410 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3612  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2958  signal transduction histidine kinase, LytS  31.3 
 
 		 568 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.177996  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  32.71 
 
 		 408 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 565 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.125544 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  34.31 
 
 		 455 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  33.67 
 
 		 374 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2724  signal transduction histidine kinase, LytS  33.93 
 
 		 562 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  32.13 
 
 		 561 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  32.13 
 
 		 561 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02013  hypothetical protein  32.13 
 
 		 561 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 357 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0103  signal transduction histidine kinase, LytS  34.67 
 
 		 495 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  32.13 
 
 		 561 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  32.13 
 
 		 561 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  32.13 
 
 		 561 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  31.67 
 
 		 561 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  32.13 
 
 		 561 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  30.62 
 
 		 560 aa  113  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>