More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0278 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  100 
 
 		 360 aa  723    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  81.29 
 
 		 358 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  81.29 
 
 		 358 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  73.89 
 
 		 360 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  73.61 
 
 		 360 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  47.52 
 
 		 372 aa  279  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.39 
 
 		 343 aa  239  5e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.3 
 
 		 346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  41.55 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  41.62 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  40.68 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  40.36 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  40.24 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  36.56 
 
 		 367 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  35.59 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  44.23 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  37.06 
 
 		 340 aa  159  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  41.15 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  38.54 
 
 		 576 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  41.34 
 
 		 349 aa  137  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 446 aa  133  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  41.12 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  35.71 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  37.56 
 
 		 578 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  36.32 
 
 		 576 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  36.13 
 
 		 369 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  33.78 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  32.74 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  42.2 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  42.2 
 
 		 355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  38.38 
 
 		 361 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  40.86 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  37.33 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  32.09 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  39.3 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  37.84 
 
 		 491 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  36.67 
 
 		 556 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  41.21 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  39.01 
 
 		 482 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2857  ATP-binding region, ATPase-like  39.29 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  38.2 
 
 		 556 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  31.73 
 
 		 465 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  32.5 
 
 		 558 aa  112  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0386  hypothetical protein  33.33 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  35.12 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  37.64 
 
 		 568 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  32.9 
 
 		 394 aa  110  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  33.62 
 
 		 367 aa  109  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  30.9 
 
 		 342 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  34.69 
 
 		 580 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  31.07 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  32.98 
 
 		 575 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  34.07 
 
 		 556 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1526  signal transduction histidine kinase, LytS  40.67 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  34.01 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  34.01 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  34.01 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  34.01 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1329  signal transduction histidine kinase LytS  34.42 
 
 		 432 aa  107  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.268235  normal  0.0194209 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  27.99 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3378  signal transduction histidine kinase, LytS  33.99 
 
 		 394 aa  107  4e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  41.91 
 
 		 572 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  41.13 
 
 		 557 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  41.13 
 
 		 557 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  34.56 
 
 		 576 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 		 394 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  29.74 
 
 		 390 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  41.13 
 
 		 557 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  41.13 
 
 		 557 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  33.96 
 
 		 455 aa  107  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  32.11 
 
 		 563 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  36.46 
 
 		 642 aa  106  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3417  signal transduction histidine kinase, LytS  31.71 
 
 		 559 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.076956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  31.03 
 
 		 558 aa  106  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  33.07 
 
 		 567 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  34.12 
 
 		 408 aa  105  9e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  36.63 
 
 		 394 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  34.01 
 
 		 561 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0276  signal transduction histidine kinase, LytS  30.15 
 
 		 561 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  32.42 
 
 		 450 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  34.6 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  33.18 
 
 		 645 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  31.12 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1394  signal transduction histidine kinase, LytS  28.48 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000264266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  30.96 
 
 		 572 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  30.96 
 
 		 572 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  40.32 
 
 		 557 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  40.32 
 
 		 557 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  29.67 
 
 		 561 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  35.53 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  35.87 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  33.94 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1549  signal transduction histidine kinase, LytS  31.63 
 
 		 560 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  32.48 
 
 		 391 aa  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1401  histidine kinase  34.44 
 
 		 360 aa  102  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  34.92 
 
 		 374 aa  102  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  33.8 
 
 		 831 aa  102  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  27.7 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>