More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0126 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  100 
 
 		 360 aa  722    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  96.11 
 
 		 360 aa  663    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  73.89 
 
 		 360 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  71.71 
 
 		 358 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  71.99 
 
 		 358 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  45.45 
 
 		 372 aa  266  5.999999999999999e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.18 
 
 		 346 aa  235  9e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.09 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  40.95 
 
 		 364 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  39.7 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  40.06 
 
 		 341 aa  189  9e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  39.63 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  38.6 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  37.94 
 
 		 340 aa  172  9e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  44.23 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  32.27 
 
 		 367 aa  158  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  39.06 
 
 		 358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  42.35 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  39.11 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  34.57 
 
 		 366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  33.56 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  38.81 
 
 		 578 aa  129  8.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  34.87 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  40.64 
 
 		 352 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  44.57 
 
 		 384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  43.9 
 
 		 355 aa  126  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  43.9 
 
 		 355 aa  126  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  41.94 
 
 		 372 aa  125  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  36.67 
 
 		 576 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  39.58 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  32.2 
 
 		 576 aa  122  8e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 		 446 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0064  signal transduction histidine kinase, LytS  34.72 
 
 		 428 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  32.28 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  36.45 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  34.25 
 
 		 394 aa  117  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  31.02 
 
 		 465 aa  116  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  34.81 
 
 		 318 aa  116  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  35.38 
 
 		 455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3378  signal transduction histidine kinase, LytS  35.26 
 
 		 394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2857  ATP-binding region, ATPase-like  35.86 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  33.99 
 
 		 576 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 563 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  38.55 
 
 		 491 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  33.97 
 
 		 403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  30.99 
 
 		 394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2433  signal transduction histidine kinase, LytS  34.74 
 
 		 558 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  39.11 
 
 		 367 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  32.11 
 
 		 450 aa  113  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  32.69 
 
 		 575 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  29.26 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  29.63 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  30.69 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1401  histidine kinase  35.34 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0196  histidine kinase  34.94 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.918677  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0472  histidine kinase  34.94 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1103  histidine kinase  34.94 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0280712  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1394  signal transduction histidine kinase, LytS  33.15 
 
 		 393 aa  109  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000264266 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  34.51 
 
 		 374 aa  109  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  35.57 
 
 		 408 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  34.78 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1228  histidine kinase  34.94 
 
 		 449 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.544927  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  35.06 
 
 		 556 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  36.36 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  40.44 
 
 		 572 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  35.57 
 
 		 408 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2328  signal transduction histidine kinase, LytS  33.5 
 
 		 565 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0659282  normal  0.34431 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  32.04 
 
 		 563 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  38.42 
 
 		 567 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  40 
 
 		 586 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1480  signal transduction histidine kinase, LytS  31.84 
 
 		 557 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336148  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3044  signal transduction histidine kinase, LytS  31.07 
 
 		 438 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  40.58 
 
 		 603 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  34.41 
 
 		 374 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  35.08 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  32.63 
 
 		 556 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02013  hypothetical protein  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  29.79 
 
 		 340 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  32.47 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3417  signal transduction histidine kinase, LytS  31.38 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.076956 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1329  signal transduction histidine kinase LytS  30.69 
 
 		 432 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.268235  normal  0.0194209 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  31.41 
 
 		 561 aa  106  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6326  signal transduction histidine kinase, LytS  32.14 
 
 		 398 aa  106  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.521722 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  31.6 
 
 		 558 aa  106  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  39.74 
 
 		 394 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  33.33 
 
 		 428 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 580 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  41.3 
 
 		 568 aa  106  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  41.32 
 
 		 556 aa  106  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  32.28 
 
 		 561 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  32.28 
 
 		 561 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  32.28 
 
 		 561 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2144  signal transduction histidine kinase, LytS  35.08 
 
 		 408 aa  105  8e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0137321  normal  0.176351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>