More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3669 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  100 
 
 		 343 aa  692    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  44.14 
 
 		 372 aa  253  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  42.26 
 
 		 360 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  42.72 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  42.26 
 
 		 360 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  42.58 
 
 		 360 aa  229  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  42.07 
 
 		 358 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  39.7 
 
 		 364 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  38.21 
 
 		 346 aa  202  7e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  35.71 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  35.61 
 
 		 338 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  34.18 
 
 		 350 aa  166  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  33.12 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  37.5 
 
 		 358 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  39.91 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  41.83 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  42.5 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  39.18 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  33.22 
 
 		 346 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.04 
 
 		 446 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  37.9 
 
 		 565 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.125544 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  38.43 
 
 		 576 aa  133  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  37.8 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  36.24 
 
 		 578 aa  132  7.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  32.8 
 
 		 369 aa  132  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  27.25 
 
 		 342 aa  132  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  30.17 
 
 		 370 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  37.17 
 
 		 566 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  36.99 
 
 		 565 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  36.99 
 
 		 565 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  36.99 
 
 		 559 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  36.99 
 
 		 565 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  36.99 
 
 		 559 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  36.99 
 
 		 559 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  36.99 
 
 		 559 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  36.99 
 
 		 559 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  29.81 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  35.65 
 
 		 403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  30.75 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  36.53 
 
 		 559 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2170  signal transduction histidine kinase, LytS  38.66 
 
 		 581 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.041747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  34.32 
 
 		 366 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1878  signal transduction histidine kinase, LytS  38.97 
 
 		 581 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.770711  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2444  signal transduction histidine kinase, LytS  36.92 
 
 		 566 aa  123  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  35.78 
 
 		 482 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3404  signal transduction histidine kinase, LytS  37.99 
 
 		 563 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.823402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  33.8 
 
 		 352 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  29.47 
 
 		 374 aa  122  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  33.01 
 
 		 362 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  34.91 
 
 		 576 aa  122  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  37.98 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  36.6 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0386  hypothetical protein  33.33 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  36.76 
 
 		 364 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 557 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 557 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 557 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 557 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 557 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 557 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  35.38 
 
 		 372 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  33.73 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  36.5 
 
 		 568 aa  117  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  32.35 
 
 		 367 aa  116  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  35.21 
 
 		 455 aa  115  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3774  signal transduction histidine kinase, LytS  31.98 
 
 		 446 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.469079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  28.63 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  32.43 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  32.39 
 
 		 465 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  32.84 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  30.68 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  34.85 
 
 		 491 aa  114  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  29.17 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 422 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  33.49 
 
 		 426 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  33.2 
 
 		 369 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  31.73 
 
 		 355 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  31.13 
 
 		 355 aa  113  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 		 394 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  34.03 
 
 		 556 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  32.09 
 
 		 580 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  32 
 
 		 374 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  32.46 
 
 		 556 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  30.97 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  32.52 
 
 		 420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0411  signal transduction histidine kinase, LytS  34.26 
 
 		 1018 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000411039  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  30 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  33.98 
 
 		 358 aa  110  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2452  signal transduction histidine kinase, LytS  33.72 
 
 		 408 aa  109  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00298598  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  29.2 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  34.31 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  35.57 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  31.37 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  31.03 
 
 		 361 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  31.53 
 
 		 645 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 450 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3044  signal transduction histidine kinase, LytS  34.33 
 
 		 438 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  32.31 
 
 		 558 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>