More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2498 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2498  protein-export membrane protein SecF  100 
 
 		 301 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3249  preprotein translocase subunit SecF  60.54 
 
 		 300 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.015855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3291  preprotein translocase subunit SecF  61.43 
 
 		 300 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000487851  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1118  preprotein translocase subunit SecF  61.43 
 
 		 300 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.377111  hitchhiker  0.000000000101209 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3427  preprotein translocase subunit SecF  61.43 
 
 		 300 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000133978  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1081  preprotein translocase subunit SecF  61.28 
 
 		 294 aa  347  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.121562  normal  0.1541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1020  preprotein translocase subunit SecF  61.51 
 
 		 294 aa  347  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00412183  hitchhiker  0.000205706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2844  preprotein translocase subunit SecF  61.77 
 
 		 298 aa  345  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000056416  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1194  preprotein translocase subunit SecF  60.55 
 
 		 294 aa  345  5e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1016  preprotein translocase subunit SecF  61.17 
 
 		 294 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0271563  hitchhiker  0.00537871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3399  protein-export membrane protein SecF  57.82 
 
 		 308 aa  340  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00684412  decreased coverage  0.000027343 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0980  preprotein translocase subunit SecF  58.39 
 
 		 307 aa  339  4e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00161117  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3571  protein-export membrane protein SecF  55.41 
 
 		 314 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00137282  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3070  protein-export membrane protein SecF  56.01 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0587358  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000523  protein-export membrane protein SecF  54.58 
 
 		 300 aa  310  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05362  preprotein translocase subunit SecF  53.87 
 
 		 300 aa  305  6e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0632  protein-export membrane protein SecF  55.91 
 
 		 300 aa  290  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4204  preprotein translocase subunit SecF  41.53 
 
 		 328 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  44.19 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  41.03 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  40.41 
 
 		 315 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  40.07 
 
 		 315 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  41.16 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  44.44 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  40.07 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  43.06 
 
 		 315 aa  205  7e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  40.48 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  42.36 
 
 		 315 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  42.86 
 
 		 315 aa  203  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2080  preprotein translocase subunit SecF  39.06 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.348624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  41.78 
 
 		 315 aa  202  7e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  42.01 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  42.01 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  42.01 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  42.91 
 
 		 315 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  42.91 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  42.91 
 
 		 315 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  41.11 
 
 		 313 aa  199  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  41.38 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2889  preprotein translocase subunit SecF  42.71 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000629469 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  41.08 
 
 		 316 aa  198  9e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  44.56 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  41.39 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  39.16 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  41.81 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  39.2 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  37.2 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  37.42 
 
 		 312 aa  192  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0684  preprotein translocase subunit SecF  38.41 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.738953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  39.47 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  37.62 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  44.49 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  37.33 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  37.33 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  35.88 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  35.88 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  35.88 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2903  preprotein translocase subunit SecF  37.16 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  35.88 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  35.88 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  36.39 
 
 		 323 aa  185  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  38.97 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  37.41 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  36.93 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  37.41 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3410  preprotein translocase subunit SecF  38.26 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470733  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  42.5 
 
 		 312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  33.66 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  40.48 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  36.77 
 
 		 357 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  37.5 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2211  preprotein translocase subunit SecF  39.6 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.220964 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  37.5 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1107  preprotein translocase subunit SecF  35.43 
 
 		 414 aa  179  7e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0908186  normal  0.232496 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  34.02 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  37.41 
 
 		 317 aa  177  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  34.09 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  36.07 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1278  preprotein translocase subunit SecF  35.1 
 
 		 414 aa  176  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000278006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  37.41 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  36.48 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  36.49 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12250  protein-export membrane protein SecF  37.17 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000312155  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  36.48 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  36.39 
 
 		 337 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  34.42 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3120  preprotein translocase subunit SecF  37.88 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0405125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>