More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4204 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4204  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 328 aa  664    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0980  preprotein translocase subunit SecF  45.61 
 
 		 307 aa  252  6e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00161117  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1081  preprotein translocase subunit SecF  44.11 
 
 		 294 aa  248  7e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.121562  normal  0.1541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2844  preprotein translocase subunit SecF  44.95 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000056416  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1194  preprotein translocase subunit SecF  44.11 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1020  preprotein translocase subunit SecF  43.1 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00412183  hitchhiker  0.000205706 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3291  preprotein translocase subunit SecF  42.38 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000487851  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1118  preprotein translocase subunit SecF  42.38 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.377111  hitchhiker  0.000000000101209 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3249  preprotein translocase subunit SecF  42.38 
 
 		 300 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.015855  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1016  preprotein translocase subunit SecF  42.42 
 
 		 294 aa  243  5e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0271563  hitchhiker  0.00537871 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000523  protein-export membrane protein SecF  44.56 
 
 		 300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3427  preprotein translocase subunit SecF  42.05 
 
 		 300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000133978  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3571  protein-export membrane protein SecF  40.88 
 
 		 314 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00137282  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2498  protein-export membrane protein SecF  41.53 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0632  protein-export membrane protein SecF  45.86 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3399  protein-export membrane protein SecF  43.45 
 
 		 308 aa  235  9e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00684412  decreased coverage  0.000027343 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05362  preprotein translocase subunit SecF  42.81 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3070  protein-export membrane protein SecF  43.01 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0587358  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  39.26 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  39.11 
 
 		 315 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  36.76 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  39.65 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  37.18 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  40.38 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  38.38 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  38.74 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  38.74 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  38.32 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  36.1 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  36.97 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  38.18 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  34 
 
 		 322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2080  preprotein translocase subunit SecF  36.56 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.348624  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0684  preprotein translocase subunit SecF  34.04 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.738953  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  38.54 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  37.09 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  38.87 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  34.34 
 
 		 323 aa  182  9.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2211  preprotein translocase subunit SecF  39.45 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.220964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  38.81 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  38.87 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  33.69 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  37.37 
 
 		 315 aa  179  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2903  preprotein translocase subunit SecF  34.05 
 
 		 323 aa  178  9e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3410  preprotein translocase subunit SecF  32.65 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470733  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  37.84 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  35.28 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3517  preprotein translocase subunit SecF  38.32 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.943932  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  38.18 
 
 		 315 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  34.42 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1770  protein-export membrane protein SecF  34.27 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40450  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4342  preprotein translocase subunit SecF  37.62 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.0000000544827 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  36.46 
 
 		 315 aa  175  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  35.8 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  37.94 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  35.07 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  34.03 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2947  preprotein translocase subunit SecF  34.46 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  33.45 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  36.49 
 
 		 315 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  39 
 
 		 315 aa  173  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  36.49 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  36.49 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  36.49 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  32.89 
 
 		 357 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  34.04 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  38.18 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1107  preprotein translocase subunit SecF  35.12 
 
 		 414 aa  172  7.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0908186  normal  0.232496 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2811  preprotein translocase subunit SecF  34.85 
 
 		 323 aa  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4618  preprotein translocase subunit SecF  38.79 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  38.43 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  39.68 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  32.82 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  33.92 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  33.92 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  33.92 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  33.92 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  33.85 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  34.63 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2384  preprotein translocase subunit SecF  34.63 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  36.14 
 
 		 305 aa  170  4e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  34.63 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  38.08 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0609  preprotein translocase subunit SecF  34.28 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0634  preprotein translocase subunit SecF  34.28 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  38.08 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>