264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1684 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1684  radical SAM family protein  100 
 
 		 633 aa  1283    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.198354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  39.07 
 
 		 620 aa  364  3e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1626  Radical SAM domain protein  35.81 
 
 		 655 aa  309  9e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  37.65 
 
 		 634 aa  301  2e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  37.76 
 
 		 486 aa  295  1e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1133  radical SAM family protein  32.98 
 
 		 656 aa  292  1e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0262562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 		 623 aa  276  7e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4968  Radical SAM domain protein  34.82 
 
 		 652 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  28.16 
 
 		 630 aa  250  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 651 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1707  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 		 646 aa  156  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 565 aa  92.4  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.79 
 
 		 533 aa  90.1  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.56 
 
 		 674 aa  87  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 468 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 489 aa  86.3  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  23.42 
 
 		 575 aa  85.1  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 472 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 		 590 aa  84  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 		 540 aa  82.4  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 		 471 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.64 
 
 		 681 aa  81.3  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.43 
 
 		 548 aa  80.5  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 472 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.53 
 
 		 459 aa  79.7  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 518 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 529 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.65 
 
 		 647 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.71 
 
 		 473 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  24.59 
 
 		 647 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.84 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 		 444 aa  78.6  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.31 
 
 		 651 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.8 
 
 		 472 aa  77.8  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.76 
 
 		 494 aa  77.8  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 		 647 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  23.76 
 
 		 494 aa  76.6  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  28.75 
 
 		 705 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.03 
 
 		 651 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.03 
 
 		 651 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 487 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  23.28 
 
 		 494 aa  75.1  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.75 
 
 		 488 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.03 
 
 		 647 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.03 
 
 		 647 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  22.91 
 
 		 494 aa  75.1  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  22.71 
 
 		 715 aa  74.7  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.07 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.38 
 
 		 677 aa  74.3  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  24.22 
 
 		 474 aa  73.2  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  24.07 
 
 		 501 aa  73.6  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  23.36 
 
 		 723 aa  73.2  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.11 
 
 		 472 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 476 aa  72  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  23.58 
 
 		 476 aa  72  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  26.71 
 
 		 631 aa  72  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 		 581 aa  71.6  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  24.06 
 
 		 681 aa  71.6  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.14 
 
 		 475 aa  71.2  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.77 
 
 		 474 aa  70.9  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  26.81 
 
 		 564 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  23.68 
 
 		 707 aa  70.9  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  30.53 
 
 		 554 aa  70.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  23.68 
 
 		 635 aa  70.5  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25.39 
 
 		 556 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.93 
 
 		 479 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.93 
 
 		 479 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.93 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.93 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.86 
 
 		 547 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.23 
 
 		 477 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  25.46 
 
 		 716 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  27.37 
 
 		 458 aa  68.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  24.42 
 
 		 426 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  23.31 
 
 		 590 aa  68.2  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.76 
 
 		 520 aa  67.8  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.43 
 
 		 546 aa  67.8  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.62 
 
 		 474 aa  67  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.48 
 
 		 546 aa  67  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 557 aa  66.6  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  23.74 
 
 		 646 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  24.17 
 
 		 569 aa  66.2  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  19.44 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.62 
 
 		 459 aa  66.2  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.29 
 
 		 569 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  22.01 
 
 		 737 aa  65.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.5 
 
 		 567 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 		 508 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  24.23 
 
 		 557 aa  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  23.45 
 
 		 462 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  22.71 
 
 		 501 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  28.28 
 
 		 471 aa  65.1  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 		 476 aa  64.7  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.56 
 
 		 546 aa  64.7  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.58 
 
 		 580 aa  64.7  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  23.73 
 
 		 583 aa  64.7  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 521 aa  64.3  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.14 
 
 		 546 aa  64.3  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.35 
 
 		 546 aa  63.9  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>