More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3455 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  64.68 
 
 		 470 aa  645    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  64.77 
 
 		 473 aa  637    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  100 
 
 		 474 aa  991    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  62.87 
 
 		 473 aa  646    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  64.69 
 
 		 474 aa  654    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  62.87 
 
 		 473 aa  646    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  98.1 
 
 		 474 aa  976    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  64.35 
 
 		 473 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  69.7 
 
 		 476 aa  695    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  62.87 
 
 		 481 aa  645    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  62.87 
 
 		 473 aa  646    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  62.87 
 
 		 481 aa  645    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  63.08 
 
 		 503 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  66.17 
 
 		 474 aa  672    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  87.97 
 
 		 479 aa  857    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  94.09 
 
 		 477 aa  921    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  64.14 
 
 		 473 aa  657    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  63.71 
 
 		 473 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  62.87 
 
 		 473 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  62.87 
 
 		 481 aa  645    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  100 
 
 		 474 aa  991    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  75.26 
 
 		 474 aa  743    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  64.56 
 
 		 473 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  69.7 
 
 		 476 aa  695    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  72.73 
 
 		 474 aa  759    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  88.19 
 
 		 479 aa  862    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  64.35 
 
 		 480 aa  632  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  64.35 
 
 		 473 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  63.92 
 
 		 473 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  63.92 
 
 		 473 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  63.92 
 
 		 473 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  59.07 
 
 		 478 aa  599  1e-170  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  55.7 
 
 		 476 aa  560  1e-158  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  55.18 
 
 		 497 aa  560  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  56.38 
 
 		 479 aa  558  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  56.38 
 
 		 479 aa  558  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  48.41 
 
 		 501 aa  486  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  48.21 
 
 		 476 aa  482  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.58 
 
 		 473 aa  475  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  46.74 
 
 		 475 aa  473  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.46 
 
 		 473 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.4 
 
 		 476 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  46.32 
 
 		 475 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  46.53 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  46.19 
 
 		 475 aa  452  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  36.57 
 
 		 490 aa  300  3e-80  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.38 
 
 		 485 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  27.52 
 
 		 576 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 		 576 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 		 583 aa  160  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 		 472 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.29 
 
 		 461 aa  146  7.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 		 459 aa  143  7e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.48 
 
 		 472 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 		 470 aa  138  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.59 
 
 		 472 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.51 
 
 		 529 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.91 
 
 		 484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 		 473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 		 488 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 		 487 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 		 564 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.88 
 
 		 546 aa  118  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.66 
 
 		 548 aa  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.88 
 
 		 546 aa  117  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 		 518 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  31.58 
 
 		 487 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.91 
 
 		 546 aa  114  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 520 aa  114  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.68 
 
 		 512 aa  113  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.54 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.71 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.71 
 
 		 546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  28.57 
 
 		 566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.49 
 
 		 546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.62 
 
 		 554 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  27.3 
 
 		 495 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.66 
 
 		 547 aa  110  5e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.42 
 
 		 565 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.42 
 
 		 567 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  32.91 
 
 		 426 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.59 
 
 		 441 aa  108  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 441 aa  107  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.62 
 
 		 527 aa  107  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.6 
 
 		 489 aa  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.27 
 
 		 546 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.44 
 
 		 569 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 		 564 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.14 
 
 		 580 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.95 
 
 		 674 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 450 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.19 
 
 		 681 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.81 
 
 		 563 aa  103  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.27 
 
 		 520 aa  103  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 469 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.29 
 
 		 425 aa  102  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.81 
 
 		 485 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>