More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6339 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  66.31 
 
 
474 aa  668    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  63.21 
 
 
473 aa  648    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  64.83 
 
 
474 aa  646    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  63.21 
 
 
473 aa  648    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  100 
 
 
479 aa  1001    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  63.21 
 
 
473 aa  648    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  68.78 
 
 
476 aa  679    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  75.26 
 
 
474 aa  776    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  88.19 
 
 
474 aa  862    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  63.21 
 
 
481 aa  647    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  88.19 
 
 
474 aa  865    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  68.78 
 
 
476 aa  679    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  63 
 
 
503 aa  646    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  64.69 
 
 
473 aa  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  64.69 
 
 
473 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  63.64 
 
 
473 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  96.87 
 
 
479 aa  951    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  75.26 
 
 
474 aa  748    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  63.21 
 
 
481 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  63.21 
 
 
481 aa  647    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  65.12 
 
 
473 aa  661    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  88.52 
 
 
477 aa  871    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  88.19 
 
 
474 aa  862    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  64.06 
 
 
473 aa  632  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  64.06 
 
 
473 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  63.4 
 
 
470 aa  628  1e-179  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  64.06 
 
 
473 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  63.21 
 
 
480 aa  624  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  63 
 
 
473 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  63 
 
 
473 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  63 
 
 
473 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  57.74 
 
 
478 aa  587  1e-166  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  56.45 
 
 
476 aa  561  1.0000000000000001e-159  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  56.48 
 
 
479 aa  555  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  56.48 
 
 
479 aa  555  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  54.51 
 
 
497 aa  556  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.6 
 
 
476 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 
476 aa  489  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  46.96 
 
 
475 aa  478  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  46.54 
 
 
475 aa  478  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  48.16 
 
 
501 aa  478  1e-133  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.46 
 
 
473 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.25 
 
 
473 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  46.19 
 
 
476 aa  463  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  45.97 
 
 
475 aa  445  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  35.81 
 
 
490 aa  289  6e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.38 
 
 
485 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.89 
 
 
459 aa  151  2e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
583 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 
576 aa  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
576 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.98 
 
 
470 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.4 
 
 
472 aa  143  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.61 
 
 
472 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  32.33 
 
 
529 aa  137  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
461 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.85 
 
 
472 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
473 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.94 
 
 
484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 
489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.31 
 
 
471 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 
487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.97 
 
 
554 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.12 
 
 
546 aa  117  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 
546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 
564 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.66 
 
 
546 aa  114  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.44 
 
 
546 aa  114  5e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.55 
 
 
487 aa  114  5e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.93 
 
 
548 aa  113  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.26 
 
 
518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 
546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.59 
 
 
556 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 
486 aa  111  3e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
546 aa  110  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.12 
 
 
547 aa  110  5e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 
489 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.85 
 
 
459 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.8 
 
 
520 aa  109  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.93 
 
 
494 aa  107  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.93 
 
 
494 aa  107  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.37 
 
 
563 aa  107  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  27.12 
 
 
566 aa  107  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.12 
 
 
567 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.14 
 
 
494 aa  105  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.35 
 
 
569 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  28.09 
 
 
495 aa  105  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.87 
 
 
494 aa  104  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.98 
 
 
512 aa  104  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.51 
 
 
681 aa  103  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 
469 aa  103  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.85 
 
 
565 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.44 
 
 
528 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1775  radical SAM family protein  27.57 
 
 
392 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.391718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  26.56 
 
 
553 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 
533 aa  101  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.95 
 
 
527 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  28.33 
 
 
545 aa  102  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.27 
 
 
580 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>