272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2292 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
634 aa  1295    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  47.88 
 
 
486 aa  442  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  39.08 
 
 
620 aa  339  8e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1133  radical SAM family protein  35.63 
 
 
656 aa  317  4e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0262562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  31.51 
 
 
623 aa  288  2e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1684  radical SAM family protein  37.85 
 
 
633 aa  286  5.999999999999999e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.198354  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 
630 aa  279  1e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1626  Radical SAM domain protein  35.66 
 
 
655 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4968  Radical SAM domain protein  35.06 
 
 
652 aa  247  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  35.81 
 
 
651 aa  240  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1707  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 
646 aa  142  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 
565 aa  104  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  30.58 
 
 
647 aa  97.8  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.28 
 
 
651 aa  95.9  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.28 
 
 
651 aa  96.3  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.28 
 
 
647 aa  95.9  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
647 aa  95.9  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.28 
 
 
647 aa  95.9  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.28 
 
 
651 aa  95.9  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.06 
 
 
647 aa  94  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
472 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 
472 aa  93.2  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 
472 aa  91.7  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.3 
 
 
508 aa  87  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  24.34 
 
 
732 aa  85.9  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.03 
 
 
548 aa  84.7  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  23.97 
 
 
540 aa  84.3  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
487 aa  84  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.3 
 
 
501 aa  84  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.4 
 
 
508 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  31.14 
 
 
598 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.42 
 
 
567 aa  83.2  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  24.29 
 
 
737 aa  83.2  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 
488 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.66 
 
 
677 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  23.66 
 
 
732 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.42 
 
 
546 aa  82  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.48 
 
 
546 aa  81.6  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.32 
 
 
472 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.56 
 
 
516 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 
723 aa  80.5  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.62 
 
 
548 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
501 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 
473 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.49 
 
 
472 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.16 
 
 
546 aa  78.6  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.56 
 
 
547 aa  78.6  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.84 
 
 
546 aa  78.6  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.81 
 
 
675 aa  79  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.79 
 
 
546 aa  77.8  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  26.58 
 
 
638 aa  77.4  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.17 
 
 
533 aa  77.4  0.0000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24 
 
 
459 aa  77.4  0.0000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.07 
 
 
567 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.07 
 
 
546 aa  77.4  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.64 
 
 
489 aa  77  0.0000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 
451 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 
681 aa  76.6  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
506 aa  77  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.18 
 
 
674 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
503 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  25.21 
 
 
647 aa  76.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  23.66 
 
 
470 aa  75.9  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.35 
 
 
512 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  31.66 
 
 
581 aa  75.5  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.05 
 
 
528 aa  75.5  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 
471 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.61 
 
 
484 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 
559 aa  75.1  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  24.35 
 
 
494 aa  75.1  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.57 
 
 
569 aa  74.7  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  24.24 
 
 
642 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
570 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 
556 aa  73.9  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  25.69 
 
 
644 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  23.77 
 
 
494 aa  73.2  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 
520 aa  73.6  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 
646 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  22.57 
 
 
738 aa  72.8  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.45 
 
 
527 aa  73.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  27.78 
 
 
502 aa  72.4  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 
529 aa  72.4  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  27.06 
 
 
643 aa  72.8  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  24.43 
 
 
658 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  27.03 
 
 
488 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
462 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 
557 aa  72  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  27.11 
 
 
557 aa  72.4  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  25.3 
 
 
501 aa  72  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.38 
 
 
681 aa  72  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.67 
 
 
506 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  23.04 
 
 
726 aa  71.6  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  25.73 
 
 
559 aa  71.2  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 
552 aa  71.2  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  27.27 
 
 
656 aa  70.5  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.15 
 
 
580 aa  70.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 
484 aa  70.9  0.00000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
525 aa  70.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
590 aa  70.9  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  23.72 
 
 
534 aa  70.5  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>