More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1863 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  100 
 
 		 486 aa  997    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  47.47 
 
 		 634 aa  442  1e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1133  radical SAM family protein  36.96 
 
 		 656 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0262562 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  36.46 
 
 		 620 aa  292  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 		 623 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1684  radical SAM family protein  37.76 
 
 		 633 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.198354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  33 
 
 		 630 aa  264  2e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4968  Radical SAM domain protein  34 
 
 		 652 aa  228  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1626  Radical SAM domain protein  33.14 
 
 		 655 aa  225  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  37.61 
 
 		 651 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1707  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 646 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  28.08 
 
 		 715 aa  100  8e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.91 
 
 		 488 aa  99.4  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 		 487 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  26.77 
 
 		 557 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 462 aa  94.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.25 
 
 		 472 aa  94.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.93 
 
 		 647 aa  94.4  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  25.85 
 
 		 557 aa  94.4  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  24.26 
 
 		 556 aa  94  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.62 
 
 		 674 aa  93.6  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 		 472 aa  91.7  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 		 565 aa  90.9  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 473 aa  90.1  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.16 
 
 		 677 aa  89.7  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.33 
 
 		 651 aa  89  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 575 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  25.76 
 
 		 472 aa  89  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  25.41 
 
 		 590 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 		 647 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  27.64 
 
 		 647 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.95 
 
 		 651 aa  87.8  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.95 
 
 		 651 aa  87.8  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.95 
 
 		 647 aa  87.8  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.95 
 
 		 647 aa  87.8  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 		 501 aa  87.8  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 474 aa  86.7  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  30.22 
 
 		 598 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 516 aa  85.5  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.66 
 
 		 554 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  23.77 
 
 		 503 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 		 472 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 564 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.69 
 
 		 563 aa  83.6  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 625 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 705 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  22.78 
 
 		 471 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.7 
 
 		 506 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.6 
 
 		 548 aa  80.9  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  22.73 
 
 		 581 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.79 
 
 		 548 aa  80.5  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  23.3 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.68 
 
 		 501 aa  80.1  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 		 490 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.7 
 
 		 506 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  23.19 
 
 		 624 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 564 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  23.84 
 
 		 590 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.65 
 
 		 472 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  25.56 
 
 		 638 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.24 
 
 		 501 aa  79  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.86 
 
 		 681 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  28.29 
 
 		 554 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  28.44 
 
 		 570 aa  77.8  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 		 567 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 		 508 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  25.33 
 
 		 681 aa  77  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.63 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 		 616 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 513 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 		 580 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.99 
 
 		 484 aa  75.5  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  25.31 
 
 		 584 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 		 458 aa  75.9  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  23.03 
 
 		 540 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.12 
 
 		 444 aa  75.1  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.87 
 
 		 473 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.32 
 
 		 513 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 		 707 aa  74.3  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  23.73 
 
 		 589 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 634 aa  74.3  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  26.42 
 
 		 635 aa  74.7  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.59 
 
 		 475 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  22.74 
 
 		 486 aa  73.6  0.000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.74 
 
 		 516 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.55 
 
 		 473 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 		 732 aa  73.6  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.17 
 
 		 533 aa  73.2  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  19.83 
 
 		 562 aa  73.2  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  22.99 
 
 		 732 aa  73.2  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 476 aa  72  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25 
 
 		 515 aa  72.4  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  22.07 
 
 		 468 aa  72  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.54 
 
 		 508 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 		 461 aa  72  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  22.79 
 
 		 559 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 647 aa  72.4  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.36 
 
 		 494 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>