More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4198 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 620 aa  1263    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1133  radical SAM family protein  36.35 
 
 		 656 aa  376  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0262562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  32.47 
 
 		 623 aa  355  1e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1684  radical SAM family protein  39.07 
 
 		 633 aa  346  7e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.198354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1626  Radical SAM domain protein  38.15 
 
 		 655 aa  338  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  40.04 
 
 		 634 aa  338  1.9999999999999998e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  29.42 
 
 		 630 aa  315  9.999999999999999e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4968  Radical SAM domain protein  35.13 
 
 		 652 aa  313  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  36.46 
 
 		 486 aa  292  1e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  35.26 
 
 		 651 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1707  radical SAM domain-containing protein  26.19 
 
 		 646 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 565 aa  100  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  30.31 
 
 		 598 aa  90.9  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.17 
 
 		 472 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 		 487 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.85 
 
 		 651 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  28.52 
 
 		 647 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 		 472 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 488 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 		 647 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.2 
 
 		 651 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.2 
 
 		 647 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.2 
 
 		 651 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.2 
 
 		 647 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.92 
 
 		 674 aa  79.7  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 		 488 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  22.15 
 
 		 540 aa  79  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.52 
 
 		 647 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 		 518 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  19.65 
 
 		 562 aa  78.2  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.63 
 
 		 471 aa  77.4  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  26.1 
 
 		 555 aa  77  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.66 
 
 		 677 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 		 723 aa  76.6  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 524 aa  76.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.87 
 
 		 451 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 473 aa  75.1  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.65 
 
 		 475 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 489 aa  72  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.92 
 
 		 472 aa  72  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  24.76 
 
 		 475 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  22.99 
 
 		 548 aa  71.6  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  23.7 
 
 		 646 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.09 
 
 		 554 aa  70.5  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  25 
 
 		 624 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  25.43 
 
 		 625 aa  70.1  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 		 476 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  23.53 
 
 		 644 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.88 
 
 		 476 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.05 
 
 		 473 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.05 
 
 		 473 aa  68.6  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  23.21 
 
 		 529 aa  68.2  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0391  radical SAM domain-containing protein  31.52 
 
 		 435 aa  68.2  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  22.74 
 
 		 590 aa  68.2  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  24.58 
 
 		 501 aa  67.8  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 462 aa  67.8  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  23.57 
 
 		 476 aa  67.4  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.04 
 
 		 502 aa  67.4  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  23.64 
 
 		 625 aa  67.4  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  23.51 
 
 		 658 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.31 
 
 		 681 aa  67.4  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  24.18 
 
 		 732 aa  66.6  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  21.78 
 
 		 425 aa  66.2  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  21.86 
 
 		 459 aa  66.2  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  26.39 
 
 		 489 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  22.13 
 
 		 437 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 		 521 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 		 556 aa  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  26.16 
 
 		 530 aa  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 		 444 aa  65.9  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  23.58 
 
 		 642 aa  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  24.48 
 
 		 656 aa  64.7  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  24.84 
 
 		 715 aa  65.1  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  22.19 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  23.66 
 
 		 516 aa  65.1  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  25.83 
 
 		 530 aa  64.7  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.08 
 
 		 512 aa  64.7  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 		 460 aa  64.3  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.93 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.86 
 
 		 567 aa  64.3  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  23.98 
 
 		 638 aa  63.9  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  25.93 
 
 		 472 aa  63.5  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.91 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  24.73 
 
 		 426 aa  63.2  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  24.03 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  23.87 
 
 		 658 aa  62.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  23.92 
 
 		 473 aa  62.8  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  25.3 
 
 		 1250 aa  63.2  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.81 
 
 		 551 aa  62  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 499 aa  62  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 		 520 aa  62  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25.65 
 
 		 563 aa  61.2  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 		 520 aa  61.2  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  22.99 
 
 		 484 aa  61.6  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  25.55 
 
 		 536 aa  60.8  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 		 716 aa  61.2  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  23.29 
 
 		 566 aa  60.8  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>