More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2424 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  100 
 
 
551 aa  1144    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  50.4 
 
 
504 aa  553  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  49.81 
 
 
552 aa  543  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  50 
 
 
536 aa  544  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  47.21 
 
 
530 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  47.21 
 
 
530 aa  503  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  46.91 
 
 
524 aa  500  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  46.05 
 
 
502 aa  431  1e-119  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  43.28 
 
 
504 aa  427  1e-118  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  45.23 
 
 
505 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  33.89 
 
 
559 aa  270  5.9999999999999995e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  33.68 
 
 
559 aa  268  1e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  32.99 
 
 
590 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  33.11 
 
 
590 aa  247  4.9999999999999997e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  32.38 
 
 
581 aa  242  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  31.91 
 
 
656 aa  241  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  30.65 
 
 
562 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  32.27 
 
 
600 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  31.75 
 
 
569 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  31.29 
 
 
583 aa  228  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  32.15 
 
 
575 aa  223  7e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  29.54 
 
 
570 aa  218  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  30.42 
 
 
557 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 
535 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.59 
 
 
583 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  30.2 
 
 
557 aa  210  7e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  28.87 
 
 
584 aa  207  6e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  23.74 
 
 
622 aa  143  9e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  23.89 
 
 
625 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  26.76 
 
 
609 aa  125  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  24.4 
 
 
624 aa  124  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  21.56 
 
 
623 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 
589 aa  114  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  22.82 
 
 
490 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  23.42 
 
 
616 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  29.49 
 
 
448 aa  97.1  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  23.1 
 
 
646 aa  86.7  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.44 
 
 
651 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.44 
 
 
647 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  26.44 
 
 
647 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.44 
 
 
647 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.44 
 
 
651 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2963  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 
522 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  26.44 
 
 
647 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.44 
 
 
651 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  22.29 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  22.38 
 
 
539 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2089  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 
530 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.670556 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2065  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 
530 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  22.99 
 
 
472 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  22.85 
 
 
529 aa  72.8  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 
459 aa  72  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.25 
 
 
647 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 
437 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  21.24 
 
 
669 aa  69.7  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  23.42 
 
 
625 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  22.7 
 
 
1250 aa  69.3  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.13 
 
 
472 aa  67  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0832  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 
527 aa  67  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.170506 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  20.75 
 
 
468 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  22.67 
 
 
472 aa  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.97 
 
 
470 aa  65.5  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  21.77 
 
 
556 aa  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  22.56 
 
 
459 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 
634 aa  65.1  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3488  Radical SAM domain protein  27.8 
 
 
369 aa  64.7  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0679  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
532 aa  65.1  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.538704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 
651 aa  63.5  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  22.12 
 
 
531 aa  63.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1258  radical SAM family protein  27.65 
 
 
529 aa  62.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0799  Elongator protein 3  26.53 
 
 
526 aa  62.8  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  23.55 
 
 
484 aa  62.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  21.52 
 
 
541 aa  62.4  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 
620 aa  62  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  21.97 
 
 
462 aa  60.8  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1633  radical SAM domain-containing protein  24.5 
 
 
490 aa  60.8  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478472  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  23.31 
 
 
484 aa  60.5  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 
551 aa  60.5  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  23.1 
 
 
516 aa  60.5  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 
551 aa  60.1  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 
590 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 
468 aa  59.7  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16781  Fe-S oxidoreductase  25.09 
 
 
539 aa  60.1  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.89 
 
 
471 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  22.01 
 
 
563 aa  58.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19381  Fe-S oxidoreductase  24.55 
 
 
537 aa  58.2  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  21.78 
 
 
564 aa  57.4  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.17 
 
 
554 aa  56.2  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  19.53 
 
 
459 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4393  coproporphyrinogen III oxidase  31.78 
 
 
472 aa  56.6  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149984 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
681 aa  56.2  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  22.15 
 
 
451 aa  56.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  20 
 
 
503 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.24 
 
 
677 aa  55.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1046  Radical SAM domain protein  22.91 
 
 
490 aa  55.5  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  21.17 
 
 
564 aa  56.2  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  21.15 
 
 
520 aa  55.5  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16891  Fe-S oxidoreductase  24 
 
 
539 aa  54.7  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.779533  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0876  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.09 
 
 
457 aa  54.7  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  22.49 
 
 
459 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>