More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0959 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  68.45 
 
 		 524 aa  723    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  100 
 
 		 530 aa  1081    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  98.3 
 
 		 530 aa  1065    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  64.9 
 
 		 536 aa  678    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  64.63 
 
 		 552 aa  669    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  54.46 
 
 		 504 aa  544  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  47.21 
 
 		 551 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  45.35 
 
 		 505 aa  426  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  42.86 
 
 		 502 aa  423  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  40.81 
 
 		 504 aa  412  1e-114  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  34.94 
 
 		 581 aa  251  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  31.91 
 
 		 559 aa  239  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  31.91 
 
 		 559 aa  238  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  32.67 
 
 		 590 aa  236  9e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  32.68 
 
 		 590 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  34.61 
 
 		 656 aa  235  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  29.94 
 
 		 583 aa  228  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.92 
 
 		 583 aa  227  5.0000000000000005e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  33 
 
 		 569 aa  224  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  30.92 
 
 		 535 aa  223  6e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  34.1 
 
 		 600 aa  223  7e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 575 aa  219  1e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  31.53 
 
 		 584 aa  219  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  32.93 
 
 		 557 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 		 562 aa  204  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  31.74 
 
 		 557 aa  203  7e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  31.45 
 
 		 570 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 		 622 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  28.91 
 
 		 609 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 		 625 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  26.5 
 
 		 624 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  27.05 
 
 		 623 aa  117  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 		 490 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 		 589 aa  101  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  25.94 
 
 		 616 aa  98.2  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  26.27 
 
 		 646 aa  90.5  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  25.22 
 
 		 651 aa  80.9  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 		 426 aa  80.1  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  26.44 
 
 		 625 aa  79  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25 
 
 		 563 aa  73.6  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  21.2 
 
 		 468 aa  70.1  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  23.32 
 
 		 539 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 437 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  26.23 
 
 		 634 aa  65.9  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.7 
 
 		 479 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  25.83 
 
 		 620 aa  64.7  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3488  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  24.09 
 
 		 540 aa  63.9  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 		 669 aa  63.5  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  24.48 
 
 		 677 aa  63.5  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.32 
 
 		 554 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  22.53 
 
 		 541 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1633  radical SAM domain-containing protein  27.95 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.806615  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.28 
 
 		 470 aa  61.6  0.00000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 523 aa  60.8  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  26.12 
 
 		 512 aa  60.8  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0902  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 369 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.981157  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1044  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 369 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.877972 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  21.85 
 
 		 448 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0683  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  26.09 
 
 		 439 aa  58.9  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  21.5 
 
 		 630 aa  58.9  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  23.3 
 
 		 472 aa  59.3  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  23.81 
 
 		 532 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  29.69 
 
 		 473 aa  58.5  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1494  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  26.09 
 
 		 439 aa  58.5  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  28.16 
 
 		 598 aa  58.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0875  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 531 aa  58.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  29.3 
 
 		 533 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  21.66 
 
 		 623 aa  57.4  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  23.22 
 
 		 566 aa  57  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  25 
 
 		 467 aa  56.2  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  23.56 
 
 		 556 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  23.4 
 
 		 501 aa  55.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  28.28 
 
 		 524 aa  55.1  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1184  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  25.66 
 
 		 482 aa  55.1  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 439 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0237  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.55 
 
 		 447 aa  55.1  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 449 aa  55.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0509  radical SAM domain-containing protein  28.33 
 
 		 430 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  26.37 
 
 		 554 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  22.83 
 
 		 476 aa  55.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  23.16 
 
 		 495 aa  55.5  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  27.44 
 
 		 681 aa  54.7  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0164  coproporphyrinogen III oxidase  35.56 
 
 		 474 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  28.89 
 
 		 529 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 484 aa  54.7  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.21 
 
 		 681 aa  54.7  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1269  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 		 430 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.141185  normal  0.258182 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  21.3 
 
 		 462 aa  54.7  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1457  Radical SAM domain protein  21.98 
 
 		 528 aa  54.3  0.000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0781401  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0408  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.04 
 
 		 456 aa  53.9  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0921493 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 424 aa  54.3  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.93 
 
 		 522 aa  54.3  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  22.71 
 
 		 600 aa  53.9  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4117  hypothetical protein  26.99 
 
 		 334 aa  54.3  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 		 507 aa  53.9  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0249  radical SAM domain-containing protein  26.4 
 
 		 431 aa  53.9  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.178286  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>