More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2413 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 437 aa  885    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  42.33 
 
 		 459 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2676  radical SAM domain-containing protein  92.31 
 
 		 78 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  29.48 
 
 		 624 aa  120  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 		 559 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 		 589 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  29.86 
 
 		 581 aa  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 		 622 aa  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  29.01 
 
 		 625 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 669 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  26.02 
 
 		 590 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 		 600 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 		 557 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  28.62 
 
 		 557 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 490 aa  99  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 562 aa  98.6  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  30 
 
 		 609 aa  98.2  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  24.63 
 
 		 590 aa  97.1  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 		 616 aa  97.1  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  29.2 
 
 		 656 aa  95.9  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 623 aa  96.3  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  25.42 
 
 		 584 aa  95.1  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  21.68 
 
 		 502 aa  94  5e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  25.07 
 
 		 583 aa  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.57 
 
 		 563 aa  90.5  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 		 625 aa  85.9  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 473 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.35 
 
 		 554 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.02 
 
 		 558 aa  83.6  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.15 
 
 		 556 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  25.76 
 
 		 569 aa  82.8  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  23.42 
 
 		 575 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 646 aa  82  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.96 
 
 		 520 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.53 
 
 		 583 aa  80.1  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 		 570 aa  80.1  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  28.94 
 
 		 504 aa  79.7  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  21.63 
 
 		 535 aa  79.3  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.17 
 
 		 472 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  30.12 
 
 		 647 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  33.12 
 
 		 723 aa  77.4  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 		 505 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.72 
 
 		 651 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  30.12 
 
 		 647 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.72 
 
 		 647 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.72 
 
 		 651 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.72 
 
 		 651 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.72 
 
 		 647 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.43 
 
 		 506 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.72 
 
 		 506 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  24.57 
 
 		 518 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 		 489 aa  72.8  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  29.09 
 
 		 864 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.15 
 
 		 506 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  23.91 
 
 		 534 aa  71.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.88 
 
 		 459 aa  71.2  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 		 513 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.4 
 
 		 472 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  25.57 
 
 		 517 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 		 472 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  25 
 
 		 530 aa  70.1  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 		 552 aa  70.1  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.12 
 
 		 551 aa  70.1  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 		 472 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  25.26 
 
 		 472 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.02 
 
 		 647 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.24 
 
 		 600 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.83 
 
 		 564 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.52 
 
 		 608 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.13 
 
 		 470 aa  68.2  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.88 
 
 		 612 aa  67  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 		 459 aa  66.6  0.0000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  24.93 
 
 		 530 aa  66.6  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  25.85 
 
 		 473 aa  66.6  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.81 
 
 		 502 aa  66.6  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 		 501 aa  66.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  23.92 
 
 		 494 aa  66.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.25 
 
 		 681 aa  66.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  23.92 
 
 		 494 aa  66.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.05 
 
 		 565 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 490 aa  65.5  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.12 
 
 		 580 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  23.33 
 
 		 536 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.34 
 
 		 484 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.4 
 
 		 548 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.44 
 
 		 546 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.42 
 
 		 677 aa  64.7  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.16 
 
 		 546 aa  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.08 
 
 		 488 aa  63.5  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.58 
 
 		 546 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 		 533 aa  63.9  0.000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.24 
 
 		 609 aa  63.2  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.72 
 
 		 609 aa  63.2  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.06 
 
 		 535 aa  63.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.81 
 
 		 567 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.85 
 
 		 484 aa  63.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 		 529 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>