270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3713 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
669 aa  1338    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  29 
 
 
622 aa  169  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  30.24 
 
 
624 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
625 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 
623 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 
589 aa  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 
616 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  31.4 
 
 
490 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  28.38 
 
 
609 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  28.92 
 
 
583 aa  137  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  26.77 
 
 
575 aa  128  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 
557 aa  127  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
557 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 
562 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  26.12 
 
 
590 aa  120  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  29.26 
 
 
569 aa  114  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 
625 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  26.99 
 
 
437 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  23.89 
 
 
590 aa  108  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 
459 aa  106  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  25.17 
 
 
570 aa  106  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  22.76 
 
 
559 aa  102  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.31 
 
 
583 aa  99.8  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  22.44 
 
 
559 aa  99.4  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 
646 aa  99  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 
581 aa  98.2  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 
600 aa  98.2  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  26.38 
 
 
584 aa  98.2  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  25.37 
 
 
656 aa  95.9  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 
518 aa  92  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 
520 aa  87  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.35 
 
 
554 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  20.62 
 
 
502 aa  81.6  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  22.5 
 
 
504 aa  81.3  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 
552 aa  79.3  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 
524 aa  78.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.82 
 
 
551 aa  77  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 
468 aa  76.6  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  29.45 
 
 
631 aa  76.3  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 
476 aa  74.7  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.03 
 
 
476 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.61 
 
 
473 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 
472 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  23.05 
 
 
506 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.5 
 
 
864 aa  73.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  30.56 
 
 
495 aa  72  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 
490 aa  72  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
472 aa  72  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  24.79 
 
 
505 aa  72  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
441 aa  71.6  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
507 aa  71.2  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 
533 aa  71.2  0.00000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  23.05 
 
 
506 aa  71.2  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  25 
 
 
444 aa  70.9  0.00000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  23.05 
 
 
506 aa  70.9  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  22.57 
 
 
535 aa  70.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  27.67 
 
 
486 aa  70.5  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  23.29 
 
 
536 aa  70.1  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.1 
 
 
556 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.57 
 
 
441 aa  69.3  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  23.69 
 
 
541 aa  68.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.7 
 
 
563 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.23 
 
 
472 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.77 
 
 
512 aa  68.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  26.08 
 
 
524 aa  68.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  24.61 
 
 
540 aa  68.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  26.48 
 
 
530 aa  68.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  24.1 
 
 
475 aa  68.2  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  24.4 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  23.45 
 
 
424 aa  67.4  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  25.92 
 
 
461 aa  67  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  25.24 
 
 
504 aa  67  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  26.17 
 
 
530 aa  67  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  22.4 
 
 
501 aa  67  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  22.58 
 
 
531 aa  67  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  24.51 
 
 
618 aa  66.6  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  23.84 
 
 
552 aa  65.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  26.23 
 
 
467 aa  65.1  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.17 
 
 
473 aa  64.7  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 
1288 aa  64.7  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.27 
 
 
474 aa  64.7  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 
564 aa  64.7  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  21.72 
 
 
472 aa  64.7  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25 
 
 
473 aa  64.3  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 
471 aa  64.3  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  24.23 
 
 
424 aa  64.3  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.93 
 
 
485 aa  63.9  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  22.31 
 
 
471 aa  63.9  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  24.85 
 
 
461 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.63 
 
 
468 aa  63.5  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  23.08 
 
 
475 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.85 
 
 
502 aa  62.8  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  24.36 
 
 
459 aa  61.6  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.04 
 
 
681 aa  61.6  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  23.68 
 
 
630 aa  61.2  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1320  radical SAM domain-containing protein  33.57 
 
 
435 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28.1 
 
 
458 aa  61.2  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  22.56 
 
 
566 aa  61.2  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  22.27 
 
 
426 aa  60.8  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  24.71 
 
 
460 aa  60.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>