238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2412 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 459 aa  918    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  42.33 
 
 		 437 aa  325  9e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  31.87 
 
 		 609 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  30.57 
 
 		 569 aa  121  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  30.81 
 
 		 624 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  31.63 
 
 		 623 aa  111  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  33.51 
 
 		 616 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 490 aa  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  28.77 
 
 		 557 aa  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  26.19 
 
 		 581 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  31.27 
 
 		 625 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 		 589 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 		 669 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 		 600 aa  103  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  24.03 
 
 		 575 aa  95.5  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  28.33 
 
 		 504 aa  94.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 646 aa  95.1  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 		 570 aa  95.1  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 622 aa  90.9  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  23.59 
 
 		 562 aa  89.4  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  21.7 
 
 		 559 aa  89.4  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.29 
 
 		 472 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  26.76 
 
 		 530 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  26.48 
 
 		 530 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  21.7 
 
 		 559 aa  89  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  27.9 
 
 		 487 aa  86.7  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  28.36 
 
 		 505 aa  86.3  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  22.12 
 
 		 502 aa  86.7  9e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 		 625 aa  86.3  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  25.82 
 
 		 590 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  25.57 
 
 		 536 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 		 535 aa  85.5  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 		 504 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  28.08 
 
 		 656 aa  85.1  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  23.18 
 
 		 584 aa  84  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  22.96 
 
 		 583 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  26.43 
 
 		 590 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 472 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  25.43 
 
 		 552 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.77 
 
 		 681 aa  76.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  25.83 
 
 		 513 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  27.36 
 
 		 524 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 		 533 aa  75.1  0.000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 		 517 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 		 513 aa  73.2  0.000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.57 
 
 		 674 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.07 
 
 		 515 aa  71.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.47 
 
 		 513 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.9 
 
 		 473 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  26.37 
 
 		 502 aa  70.9  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.56 
 
 		 551 aa  70.5  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 529 aa  70.5  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.09 
 
 		 470 aa  70.1  0.00000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  24.19 
 
 		 521 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.4 
 
 		 677 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 541 aa  68.2  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.92 
 
 		 583 aa  67  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.54 
 
 		 548 aa  66.6  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.06 
 
 		 567 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.5 
 
 		 565 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  24.59 
 
 		 523 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.78 
 
 		 569 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.28 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  22.89 
 
 		 723 aa  63.5  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.68 
 
 		 580 aa  63.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  35.33 
 
 		 598 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.45 
 
 		 548 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  19.03 
 
 		 468 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1061  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 343 aa  62  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8315700000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  22.67 
 
 		 494 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  22.67 
 
 		 494 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.58 
 
 		 554 aa  61.2  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.8 
 
 		 459 aa  61.2  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 		 502 aa  60.8  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  25.53 
 
 		 864 aa  60.8  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 		 462 aa  60.5  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  24.28 
 
 		 564 aa  60.5  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2675  hypothetical protein  78.95 
 
 		 150 aa  60.5  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0188082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.7 
 
 		 612 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.78 
 
 		 563 aa  59.7  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  21.91 
 
 		 494 aa  59.3  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2676  radical SAM domain-containing protein  43.55 
 
 		 78 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  22.15 
 
 		 494 aa  58.9  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 		 520 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  18.69 
 
 		 623 aa  58.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  31.05 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.42 
 
 		 558 aa  58.2  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  25.08 
 
 		 501 aa  57  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.35 
 
 		 609 aa  56.6  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1443  radical SAM domain-containing protein  24.29 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.664587  normal  0.058788 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0618  coproporphyrinogen III oxidase  27.89 
 
 		 481 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  24.03 
 
 		 456 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1708  coproporphyrinogen III oxidase  27.89 
 
 		 483 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.555981  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  22.56 
 
 		 525 aa  56.2  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2394  coproporphyrinogen III oxidase  27.89 
 
 		 483 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  24.48 
 
 		 472 aa  56.2  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2893  coproporphyrinogen III oxidase  27.89 
 
 		 483 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 		 468 aa  55.8  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 518 aa  55.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>