More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3488 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3488  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 369 aa  769    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.65 
 
 		 459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 		 470 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 		 564 aa  113  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.53 
 
 		 563 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 		 469 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  29.61 
 
 		 461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 		 451 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 		 450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.87 
 
 		 485 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 426 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.49 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.4 
 
 		 441 aa  104  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.7 
 
 		 556 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 494 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.11 
 
 		 1250 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.59 
 
 		 473 aa  99  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.76 
 
 		 494 aa  99  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 564 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 		 539 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 488 aa  96.7  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.6 
 
 		 554 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.64 
 
 		 494 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.64 
 
 		 494 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 468 aa  94.7  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 518 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.59 
 
 		 462 aa  93.2  6e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 471 aa  93.2  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.08 
 
 		 576 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  24.23 
 
 		 425 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  27.53 
 
 		 444 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 		 529 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.03 
 
 		 681 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  27.13 
 
 		 566 aa  90.9  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 487 aa  90.5  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.38 
 
 		 864 aa  90.5  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.98 
 
 		 472 aa  90.5  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 		 444 aa  90.5  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  26.26 
 
 		 445 aa  90.1  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 		 459 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  30.63 
 
 		 576 aa  89.7  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 		 502 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 473 aa  88.6  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  24.7 
 
 		 446 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.78 
 
 		 548 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 555 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  27.07 
 
 		 444 aa  87.8  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 429 aa  87.8  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.42 
 
 		 674 aa  86.3  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.84 
 
 		 465 aa  86.3  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  25.76 
 
 		 540 aa  86.3  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.6 
 
 		 472 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  23.24 
 
 		 460 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.88 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 424 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 434 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  29.09 
 
 		 475 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.15 
 
 		 484 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 		 489 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  26.39 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  24.42 
 
 		 448 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.29 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.98 
 
 		 558 aa  83.2  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  24.33 
 
 		 469 aa  83.2  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 		 477 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 		 488 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  23.45 
 
 		 1288 aa  82  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.2 
 
 		 552 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.37 
 
 		 524 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  22.54 
 
 		 681 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  30.18 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  27.75 
 
 		 437 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.3 
 
 		 583 aa  81.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  24.64 
 
 		 469 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  24.21 
 
 		 528 aa  82  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.93 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 		 426 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.82 
 
 		 474 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 506 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.95 
 
 		 476 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  24.32 
 
 		 467 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.8 
 
 		 506 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 		 525 aa  80.9  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.85 
 
 		 472 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.27 
 
 		 548 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  24.05 
 
 		 469 aa  80.1  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  33.33 
 
 		 501 aa  79.3  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  22.75 
 
 		 467 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.81 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 		 468 aa  79.3  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 521 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.06 
 
 		 475 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.2 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.71 
 
 		 535 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 		 462 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>