More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0104 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  66.74 
 
 
475 aa  645    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  69.55 
 
 
480 aa  677    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  67.6 
 
 
470 aa  653    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  100 
 
 
471 aa  974    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  75.16 
 
 
483 aa  720    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  71.06 
 
 
471 aa  693    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  65.09 
 
 
479 aa  625  1e-178  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  57.45 
 
 
472 aa  558  1e-158  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  57.88 
 
 
472 aa  555  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  57.45 
 
 
477 aa  551  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  57.02 
 
 
474 aa  553  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  55.51 
 
 
476 aa  535  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  57.02 
 
 
478 aa  534  1e-150  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  54.49 
 
 
473 aa  526  1e-148  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  35.18 
 
 
439 aa  252  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  34.49 
 
 
444 aa  250  3e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  35.03 
 
 
433 aa  249  5e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  35.08 
 
 
434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  35.01 
 
 
444 aa  229  9e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  32.51 
 
 
428 aa  226  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  31.69 
 
 
428 aa  223  7e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  32.12 
 
 
459 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  32.9 
 
 
434 aa  220  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  32.61 
 
 
426 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  32.82 
 
 
428 aa  216  7e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  33.13 
 
 
429 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  33.6 
 
 
446 aa  213  7.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  31.87 
 
 
430 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 
445 aa  210  3e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
448 aa  207  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
449 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 
462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  30.1 
 
 
441 aa  197  5.000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  31.96 
 
 
433 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.75 
 
 
461 aa  188  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  31.96 
 
 
477 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  26.82 
 
 
467 aa  187  3e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 
486 aa  184  3e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  26.07 
 
 
467 aa  178  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 
469 aa  173  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  28.39 
 
 
477 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 
469 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.13 
 
 
471 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.75 
 
 
465 aa  168  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  29.68 
 
 
500 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 
468 aa  166  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27.76 
 
 
490 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 
509 aa  161  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 
465 aa  160  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 
468 aa  161  3e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.8 
 
 
461 aa  160  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.5 
 
 
462 aa  159  7e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 
520 aa  160  7e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.96 
 
 
466 aa  159  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  25.72 
 
 
471 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  25.72 
 
 
471 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 
468 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  29.08 
 
 
527 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 
468 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 
502 aa  156  7e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 
469 aa  156  9e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 
468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 
471 aa  154  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
490 aa  151  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  32.17 
 
 
448 aa  149  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
498 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  28.73 
 
 
503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 
422 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  27.93 
 
 
462 aa  147  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  28.46 
 
 
503 aa  145  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 
512 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  27.9 
 
 
501 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  31.8 
 
 
445 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  27.64 
 
 
503 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 
502 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 
504 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 
493 aa  137  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  27.12 
 
 
504 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 
498 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  31.48 
 
 
444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 
533 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  31.9 
 
 
532 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  31.46 
 
 
450 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 
444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.25 
 
 
441 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  27.05 
 
 
600 aa  126  7e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  27.18 
 
 
529 aa  126  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.5 
 
 
441 aa  125  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 
504 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  25 
 
 
522 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
529 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  28.69 
 
 
531 aa  121  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 
523 aa  120  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  27.89 
 
 
528 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  26.09 
 
 
533 aa  117  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  26.76 
 
 
553 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  26.63 
 
 
591 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  27.2 
 
 
539 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  27.51 
 
 
527 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  25.57 
 
 
527 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>