More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1617 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  85.07 
 
 		 469 aa  861    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  78.63 
 
 		 467 aa  792    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  79.91 
 
 		 467 aa  798    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  70 
 
 		 461 aa  707    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  82.55 
 
 		 471 aa  832    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  82.31 
 
 		 465 aa  819    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  72.39 
 
 		 462 aa  734    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 469 aa  984    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  86.35 
 
 		 468 aa  857    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  36.21 
 
 		 444 aa  255  9e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  33.1 
 
 		 433 aa  246  6.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.62 
 
 		 434 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  31.83 
 
 		 439 aa  218  2e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  31.95 
 
 		 428 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 		 426 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.94 
 
 		 428 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  30.94 
 
 		 441 aa  206  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  33.52 
 
 		 430 aa  204  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  30.45 
 
 		 468 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.37 
 
 		 466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  32.65 
 
 		 428 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  32.24 
 
 		 429 aa  196  6e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 		 468 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 		 469 aa  193  5e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  30.39 
 
 		 468 aa  193  5e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 		 444 aa  193  6e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  31.19 
 
 		 465 aa  193  6e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 		 449 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  29.54 
 
 		 446 aa  189  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  31.19 
 
 		 433 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  28.13 
 
 		 448 aa  187  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.76 
 
 		 479 aa  186  9e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.61 
 
 		 461 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  29.97 
 
 		 459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 		 486 aa  182  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 		 477 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  28.1 
 
 		 462 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  28.14 
 
 		 480 aa  180  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  27.89 
 
 		 470 aa  179  5.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  28.78 
 
 		 462 aa  180  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 		 475 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  29.57 
 
 		 445 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 		 471 aa  171  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  28.45 
 
 		 471 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  28.45 
 
 		 471 aa  167  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  26.74 
 
 		 477 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  28.08 
 
 		 490 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.69 
 
 		 471 aa  160  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  24.74 
 
 		 483 aa  159  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 474 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.59 
 
 		 477 aa  156  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  24.35 
 
 		 472 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.18 
 
 		 478 aa  152  8.999999999999999e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.93 
 
 		 441 aa  150  6e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 		 441 aa  150  7e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 		 476 aa  147  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1164  Radical SAM domain protein  27.3 
 
 		 481 aa  144  4e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149983  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.3 
 
 		 472 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  23.99 
 
 		 473 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  28.34 
 
 		 450 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 468 aa  137  5e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 		 451 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  27.51 
 
 		 448 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  26.55 
 
 		 444 aa  117  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.28 
 
 		 459 aa  117  6e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  25.32 
 
 		 532 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 		 422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  24.37 
 
 		 484 aa  114  5e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  24.3 
 
 		 546 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.37 
 
 		 503 aa  113  9e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 547 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 		 583 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  25.41 
 
 		 527 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 		 445 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  23.73 
 
 		 533 aa  109  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  24.45 
 
 		 527 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 		 531 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  23.86 
 
 		 503 aa  109  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.33 
 
 		 608 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 603 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  24.57 
 
 		 502 aa  109  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  24.57 
 
 		 509 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 		 609 aa  108  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  25.78 
 
 		 591 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.82 
 
 		 569 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  23.91 
 
 		 500 aa  107  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 542 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 		 503 aa  107  5e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  23.53 
 
 		 495 aa  107  6e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  29.33 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 		 576 aa  106  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 		 567 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 		 543 aa  106  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 		 576 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 547 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  24.13 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.11 
 
 		 580 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>