More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3848 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  100 
 
 
532 aa  1097    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  40.98 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  35.64 
 
 
503 aa  300  5e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  35.64 
 
 
503 aa  299  7e-80  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  40.75 
 
 
504 aa  295  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  39.57 
 
 
512 aa  294  3e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  35.19 
 
 
503 aa  293  7e-78  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  40.28 
 
 
501 aa  291  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  39.67 
 
 
490 aa  286  7e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  42.32 
 
 
546 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  37.05 
 
 
502 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  38.08 
 
 
520 aa  283  6.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  37.76 
 
 
498 aa  282  1e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  37.39 
 
 
504 aa  282  1e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  36.38 
 
 
502 aa  278  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  36.62 
 
 
498 aa  278  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  41.01 
 
 
524 aa  276  6e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  36.82 
 
 
493 aa  273  7e-72  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.8 
 
 
524 aa  271  2.9999999999999997e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  36.1 
 
 
509 aa  270  7e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  37.65 
 
 
529 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.58 
 
 
522 aa  269  1e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  38.19 
 
 
600 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  35.43 
 
 
500 aa  259  6e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  36.56 
 
 
522 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  36.08 
 
 
561 aa  256  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  38.03 
 
 
529 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  38.13 
 
 
529 aa  254  3e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  34.37 
 
 
523 aa  253  4.0000000000000004e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  34.97 
 
 
533 aa  253  5.000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  39.1 
 
 
533 aa  253  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  40.39 
 
 
521 aa  252  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  35.85 
 
 
529 aa  248  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  37.23 
 
 
527 aa  247  4.9999999999999997e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  36.24 
 
 
525 aa  246  6.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  39.39 
 
 
534 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  33.14 
 
 
523 aa  243  7e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  35.11 
 
 
527 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  35.09 
 
 
527 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  35.31 
 
 
527 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  36.28 
 
 
542 aa  239  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  33.82 
 
 
554 aa  239  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  35 
 
 
546 aa  238  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  34.43 
 
 
527 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  36.28 
 
 
543 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  37.26 
 
 
539 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  36.04 
 
 
547 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  31.81 
 
 
528 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  33.81 
 
 
528 aa  229  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  34.27 
 
 
553 aa  229  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  35.08 
 
 
547 aa  228  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  33.94 
 
 
531 aa  223  6e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  33.65 
 
 
547 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  33.65 
 
 
547 aa  219  8.999999999999998e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  33.1 
 
 
527 aa  216  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  33.17 
 
 
444 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  31.62 
 
 
444 aa  187  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.18 
 
 
434 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  28.19 
 
 
441 aa  184  5.0000000000000004e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  31.44 
 
 
433 aa  183  6e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  31.65 
 
 
428 aa  182  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  33.96 
 
 
477 aa  180  5.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  28.47 
 
 
439 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  32.35 
 
 
429 aa  176  7e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  29.72 
 
 
448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 
426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
486 aa  174  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
462 aa  172  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  30.16 
 
 
490 aa  170  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 
449 aa  170  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 
459 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 
434 aa  167  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.48 
 
 
428 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 
446 aa  164  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  30.13 
 
 
428 aa  163  9e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  30.65 
 
 
430 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 
471 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 
471 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  30.21 
 
 
480 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.22 
 
 
479 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 
471 aa  154  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 
475 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 
433 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  29.48 
 
 
591 aa  151  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
476 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  28.8 
 
 
477 aa  146  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.9 
 
 
471 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 
471 aa  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  29.43 
 
 
483 aa  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 
445 aa  144  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 
474 aa  144  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  29.77 
 
 
470 aa  143  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.57 
 
 
478 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
473 aa  139  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
477 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 
472 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.78 
 
 
472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 
468 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.36 
 
 
461 aa  128  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.481544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>