More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0509 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0195  Radical SAM domain protein  87.47 
 
 
431 aa  749    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.780626  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1269  Radical SAM domain protein  93.26 
 
 
430 aa  790    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.141185  normal  0.258182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0249  radical SAM domain-containing protein  87.01 
 
 
431 aa  749    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.178286  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2076  radical SAM domain-containing protein  76.46 
 
 
432 aa  639    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571731 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1320  radical SAM domain-containing protein  85.52 
 
 
435 aa  711    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0434  Radical SAM domain protein  78.09 
 
 
432 aa  665    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0509  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
430 aa  866    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3496  radical SAM family Fe-S protein  46.31 
 
 
437 aa  392  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.256122  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 
458 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  30.55 
 
 
489 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.84 
 
 
485 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
529 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 
441 aa  94.4  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.64 
 
 
441 aa  92.8  9e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.52 
 
 
488 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.29 
 
 
470 aa  92.8  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 
462 aa  90.1  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.86 
 
 
494 aa  89.7  8e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.86 
 
 
494 aa  89.7  8e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.3 
 
 
459 aa  89.4  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.36 
 
 
612 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 
488 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.36 
 
 
612 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.49 
 
 
547 aa  89  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.61 
 
 
600 aa  88.2  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
494 aa  87.4  5e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 
471 aa  86.7  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.04 
 
 
567 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  25.57 
 
 
288 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  28.78 
 
 
1288 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 
487 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.32 
 
 
459 aa  85.1  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 
451 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  22.61 
 
 
552 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
489 aa  84  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  33.55 
 
 
474 aa  84  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.33 
 
 
558 aa  83.6  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  22.31 
 
 
473 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.46 
 
 
520 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.07 
 
 
485 aa  83.2  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  26.13 
 
 
495 aa  83.2  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 
494 aa  82.8  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.65 
 
 
565 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 
488 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
546 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  22.83 
 
 
444 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.5 
 
 
468 aa  81.3  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.92 
 
 
580 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 
460 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
477 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 
428 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 
461 aa  80.1  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  28.09 
 
 
467 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  27.41 
 
 
459 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 
426 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.47 
 
 
1250 aa  77.8  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.93 
 
 
546 aa  77  0.0000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.59 
 
 
425 aa  76.6  0.0000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.5 
 
 
548 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 
533 aa  76.3  0.0000000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
546 aa  76.3  0.0000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.77 
 
 
546 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.22 
 
 
534 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.06 
 
 
576 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 
429 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
445 aa  74.7  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.32 
 
 
567 aa  74.7  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.26 
 
 
569 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
546 aa  74.3  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 
439 aa  73.9  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
459 aa  74.3  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.22 
 
 
535 aa  73.9  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 
513 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.19 
 
 
473 aa  72.8  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  27.23 
 
 
430 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  29.55 
 
 
428 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  22.7 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.87 
 
 
516 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.31 
 
 
547 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  22.61 
 
 
487 aa  70.9  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.47 
 
 
528 aa  70.9  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  26.65 
 
 
675 aa  70.5  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.44 
 
 
527 aa  70.5  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.62 
 
 
546 aa  69.7  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.06 
 
 
612 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 
576 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 
583 aa  69.3  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
503 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.26 
 
 
501 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.49 
 
 
677 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  23.8 
 
 
444 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  32.07 
 
 
554 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.89 
 
 
484 aa  67.4  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.5 
 
 
545 aa  67.4  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.87 
 
 
608 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  25.88 
 
 
444 aa  67.4  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.34 
 
 
520 aa  67.4  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 
506 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  23.53 
 
 
525 aa  66.2  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 
528 aa  66.6  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>