More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0434 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0195  Radical SAM domain protein  78.6 
 
 
431 aa  665    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.780626  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0509  radical SAM domain-containing protein  78.09 
 
 
430 aa  665    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0434  Radical SAM domain protein  100 
 
 
432 aa  872    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1269  Radical SAM domain protein  79.02 
 
 
430 aa  666    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.141185  normal  0.258182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0249  radical SAM domain-containing protein  77.44 
 
 
431 aa  658    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.178286  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2076  radical SAM domain-containing protein  87.73 
 
 
432 aa  742    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571731 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1320  radical SAM domain-containing protein  76.62 
 
 
435 aa  638    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3496  radical SAM family Fe-S protein  47.25 
 
 
437 aa  389  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.256122  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  30.55 
 
 
458 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 
552 aa  96.3  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.07 
 
 
612 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.07 
 
 
612 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.97 
 
 
567 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.53 
 
 
580 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
600 aa  93.2  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 
462 aa  89.7  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.49 
 
 
565 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.79 
 
 
485 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.7 
 
 
546 aa  88.2  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.1 
 
 
547 aa  88.2  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
529 aa  87  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
488 aa  86.7  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.54 
 
 
461 aa  86.7  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  26.23 
 
 
288 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  25.68 
 
 
1250 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.72 
 
 
468 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.15 
 
 
485 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 
470 aa  84.7  0.000000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  22.94 
 
 
473 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  26.25 
 
 
461 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  27.46 
 
 
467 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 
489 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
533 aa  82.4  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.1 
 
 
516 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  33.18 
 
 
484 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  30.94 
 
 
1288 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 
471 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.78 
 
 
546 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.15 
 
 
558 aa  80.9  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.19 
 
 
441 aa  80.1  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.19 
 
 
441 aa  79.7  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.16 
 
 
459 aa  79  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.43 
 
 
546 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
546 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.89 
 
 
459 aa  77.8  0.0000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 
444 aa  78.2  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.7 
 
 
488 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  25.85 
 
 
495 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 
487 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
494 aa  77.4  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.76 
 
 
569 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.71 
 
 
567 aa  76.6  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.71 
 
 
527 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 
429 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.12 
 
 
494 aa  75.9  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.55 
 
 
472 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 
459 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.12 
 
 
494 aa  75.5  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.57 
 
 
528 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 
494 aa  74.7  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.62 
 
 
451 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 
428 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
546 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.4 
 
 
534 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.21 
 
 
489 aa  73.9  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.33 
 
 
430 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.02 
 
 
548 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  22.55 
 
 
528 aa  72.4  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
520 aa  72  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.52 
 
 
425 aa  72  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.14 
 
 
547 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  26.71 
 
 
460 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  26.04 
 
 
675 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.14 
 
 
520 aa  70.1  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.36 
 
 
535 aa  70.1  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
445 aa  70.1  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
524 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  22.68 
 
 
472 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.08 
 
 
508 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.93 
 
 
546 aa  68.9  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.2 
 
 
428 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  31.86 
 
 
554 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  23 
 
 
487 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 
525 aa  67.8  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00191  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  26.73 
 
 
506 aa  67.4  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 
520 aa  66.6  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.98 
 
 
612 aa  66.6  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 
501 aa  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 
506 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 
576 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  24.22 
 
 
507 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.73 
 
 
488 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 
439 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 
473 aa  65.1  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 
424 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 
506 aa  64.7  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.21 
 
 
563 aa  65.1  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
513 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  24.1 
 
 
428 aa  64.3  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 
477 aa  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>