More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0249 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0509  radical SAM domain-containing protein  87.01 
 
 
430 aa  748    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0249  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
431 aa  870    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.178286  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2076  radical SAM domain-containing protein  77.21 
 
 
432 aa  653    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0434  Radical SAM domain protein  77.44 
 
 
432 aa  659    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216188  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0195  Radical SAM domain protein  97.68 
 
 
431 aa  837    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.780626  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1320  radical SAM domain-containing protein  85.09 
 
 
435 aa  719    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1269  Radical SAM domain protein  88.63 
 
 
430 aa  761    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.141185  normal  0.258182 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3496  radical SAM family Fe-S protein  47.13 
 
 
437 aa  396  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.256122  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.29 
 
 
494 aa  99  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.29 
 
 
494 aa  99  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.44 
 
 
485 aa  96.7  8e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.65 
 
 
529 aa  96.7  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 
458 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.27 
 
 
473 aa  94.4  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 
494 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.33 
 
 
470 aa  92  2e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.52 
 
 
612 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.52 
 
 
612 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 
494 aa  90.1  7e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.27 
 
 
533 aa  89.7  9e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 
471 aa  88.6  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 
441 aa  87.8  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 
489 aa  88.2  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 
488 aa  87.4  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.48 
 
 
441 aa  87  6e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.15 
 
 
485 aa  86.7  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  25.79 
 
 
547 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.59 
 
 
462 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.43 
 
 
487 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 
552 aa  84  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.92 
 
 
459 aa  84  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  27.33 
 
 
495 aa  84  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.61 
 
 
600 aa  84  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.03 
 
 
489 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.44 
 
 
567 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 
460 aa  82  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.18 
 
 
488 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 
513 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
451 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.3 
 
 
546 aa  80.1  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  27.24 
 
 
548 aa  79.7  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
459 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 
288 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  28.35 
 
 
467 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.52 
 
 
565 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.39 
 
 
580 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
461 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 
444 aa  77.8  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.86 
 
 
425 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.82 
 
 
546 aa  77  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.29 
 
 
548 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 
477 aa  76.6  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 
428 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.74 
 
 
569 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.71 
 
 
516 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  23.19 
 
 
459 aa  74.7  0.000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.41 
 
 
468 aa  75.1  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.42 
 
 
546 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.85 
 
 
558 aa  74.3  0.000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.57 
 
 
484 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.27 
 
 
472 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  28.5 
 
 
445 aa  73.6  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.29 
 
 
546 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 
507 aa  72.8  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  25.73 
 
 
429 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 
439 aa  72  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.27 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.36 
 
 
520 aa  71.6  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 
576 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.68 
 
 
428 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  25.08 
 
 
484 aa  71.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
468 aa  70.5  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.11 
 
 
534 aa  70.1  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 
487 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.76 
 
 
535 aa  69.3  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 
1288 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  23.99 
 
 
576 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  27.44 
 
 
545 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.01 
 
 
513 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 
459 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.15 
 
 
681 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.79 
 
 
546 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.18 
 
 
430 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.14 
 
 
547 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.97 
 
 
520 aa  67.4  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.16 
 
 
488 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  23.36 
 
 
566 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.21 
 
 
472 aa  67  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.27 
 
 
583 aa  66.6  0.0000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  28.07 
 
 
502 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 
517 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  26.81 
 
 
469 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  21.77 
 
 
487 aa  66.2  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
461 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  29.12 
 
 
521 aa  65.5  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.52 
 
 
546 aa  65.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  26.82 
 
 
501 aa  65.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  25.39 
 
 
450 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  28.51 
 
 
647 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 
525 aa  64.7  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>