More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3595 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  62.65 
 
 		 502 aa  665    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  62.5 
 
 		 504 aa  674    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 501 aa  1038    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  63.71 
 
 		 498 aa  676    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  62.4 
 
 		 504 aa  666    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  62.98 
 
 		 504 aa  669    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  54.51 
 
 		 520 aa  592  1e-168  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  52.69 
 
 		 503 aa  579  1e-164  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  53.13 
 
 		 503 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  52.6 
 
 		 502 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  52.1 
 
 		 503 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  51.1 
 
 		 509 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  51.21 
 
 		 493 aa  560  1e-158  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  50.9 
 
 		 498 aa  556  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  52.11 
 
 		 500 aa  555  1e-157  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  53.77 
 
 		 512 aa  542  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  51.12 
 
 		 490 aa  528  1e-149  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  45.88 
 
 		 600 aa  463  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  45.4 
 
 		 546 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  45.38 
 
 		 521 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  43.29 
 
 		 534 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  39.67 
 
 		 525 aa  360  4e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.37 
 
 		 522 aa  360  4e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  38.26 
 
 		 529 aa  360  5e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  38.9 
 
 		 533 aa  360  5e-98  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  37.85 
 
 		 524 aa  354  2e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  38.25 
 
 		 523 aa  353  4e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.93 
 
 		 524 aa  350  5e-95  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  37.04 
 
 		 529 aa  349  7e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  38.91 
 
 		 527 aa  347  3e-94  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  37.67 
 
 		 533 aa  346  7e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  39.53 
 
 		 522 aa  345  8e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  37.14 
 
 		 529 aa  341  1e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  37.17 
 
 		 529 aa  333  4e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  37.64 
 
 		 561 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  34.84 
 
 		 554 aa  307  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  33.61 
 
 		 528 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  34.85 
 
 		 527 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  34.86 
 
 		 553 aa  288  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  33.82 
 
 		 527 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  34.94 
 
 		 539 aa  287  4e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  34.53 
 
 		 547 aa  285  9e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  33 
 
 		 528 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  33.95 
 
 		 523 aa  283  5.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  33.76 
 
 		 547 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  33.76 
 
 		 547 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 546 aa  281  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  33.4 
 
 		 543 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  40.28 
 
 		 532 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  33.82 
 
 		 542 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  33.19 
 
 		 527 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  33.75 
 
 		 547 aa  274  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  32.08 
 
 		 531 aa  273  6e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  33.19 
 
 		 527 aa  272  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  32.53 
 
 		 527 aa  236  8e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 428 aa  209  9e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  32.49 
 
 		 428 aa  204  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  31.8 
 
 		 444 aa  204  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  32.8 
 
 		 429 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  30.48 
 
 		 439 aa  189  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  30.09 
 
 		 448 aa  179  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  31.18 
 
 		 430 aa  178  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 		 433 aa  176  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  28.03 
 
 		 441 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 		 446 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 		 426 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  31.28 
 
 		 434 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  29.29 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 		 486 aa  156  7e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 471 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 471 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 		 483 aa  155  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 		 471 aa  155  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.52 
 
 		 451 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  30.41 
 
 		 490 aa  150  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 		 449 aa  150  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 480 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  29.65 
 
 		 459 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 		 444 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  28.68 
 
 		 477 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 		 477 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  29.8 
 
 		 462 aa  147  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 		 471 aa  147  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.84 
 
 		 472 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  29.1 
 
 		 474 aa  144  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.9 
 
 		 471 aa  144  4e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.93 
 
 		 479 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  27.74 
 
 		 475 aa  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.9 
 
 		 478 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 470 aa  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  28.09 
 
 		 473 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 476 aa  134  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 		 445 aa  130  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 		 433 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 441 aa  123  9e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.64 
 
 		 441 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  25.74 
 
 		 591 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 459 aa  113  7.000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>