More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0548 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 504 aa  1028    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  82.94 
 
 		 504 aa  874    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  62.5 
 
 		 501 aa  674    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  69.88 
 
 		 498 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  63.65 
 
 		 502 aa  683    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  69.65 
 
 		 504 aa  718    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  55.47 
 
 		 503 aa  592  1e-168  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  54.79 
 
 		 503 aa  589  1e-167  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  54.9 
 
 		 502 aa  591  1e-167  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  55.6 
 
 		 503 aa  587  1e-166  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  54.1 
 
 		 498 aa  585  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  53.32 
 
 		 520 aa  582  1.0000000000000001e-165  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  53.47 
 
 		 509 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  53.89 
 
 		 500 aa  580  1e-164  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  48.89 
 
 		 493 aa  551  1e-155  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  51.93 
 
 		 512 aa  524  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  51.73 
 
 		 490 aa  513  1e-144  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  46.59 
 
 		 600 aa  457  1e-127  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  45.78 
 
 		 546 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  41.37 
 
 		 522 aa  385  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.57 
 
 		 524 aa  374  1e-102  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  39.15 
 
 		 524 aa  373  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  39.96 
 
 		 529 aa  369  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  39.1 
 
 		 533 aa  370  1e-101  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  41.3 
 
 		 525 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  38.31 
 
 		 529 aa  364  2e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  39.76 
 
 		 523 aa  364  2e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  42.08 
 
 		 529 aa  363  4e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  39.51 
 
 		 522 aa  363  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  39.31 
 
 		 527 aa  360  4e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  39.71 
 
 		 529 aa  359  5e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  43.78 
 
 		 534 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  42.58 
 
 		 561 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  44.06 
 
 		 521 aa  345  2e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  38.55 
 
 		 533 aa  340  4e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  37.21 
 
 		 523 aa  308  1.0000000000000001e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  35.9 
 
 		 554 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  38.44 
 
 		 547 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  37.3 
 
 		 547 aa  298  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  37.3 
 
 		 547 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  37.76 
 
 		 547 aa  294  3e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  35.22 
 
 		 527 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  34.07 
 
 		 528 aa  290  6e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  34.96 
 
 		 539 aa  286  5e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  40.43 
 
 		 542 aa  286  7e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  35.49 
 
 		 553 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  35.43 
 
 		 527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  39.23 
 
 		 543 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  40.75 
 
 		 532 aa  282  9e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  35.11 
 
 		 527 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  33.47 
 
 		 531 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  34.86 
 
 		 527 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  37.17 
 
 		 546 aa  277  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  32.8 
 
 		 528 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  35.05 
 
 		 527 aa  234  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  35.32 
 
 		 429 aa  207  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  32.3 
 
 		 428 aa  200  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  31.13 
 
 		 444 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  32.62 
 
 		 428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  32.59 
 
 		 439 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  33.65 
 
 		 430 aa  191  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  32.32 
 
 		 433 aa  180  4.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.69 
 
 		 434 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 		 446 aa  168  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  32.22 
 
 		 428 aa  167  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 448 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 449 aa  159  8e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  26.6 
 
 		 441 aa  159  9e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  33.24 
 
 		 426 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 		 444 aa  156  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 		 471 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 434 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 477 aa  152  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  29.74 
 
 		 459 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  30.53 
 
 		 471 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  30.53 
 
 		 471 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 		 486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  28.88 
 
 		 490 aa  148  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  29.93 
 
 		 477 aa  146  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 		 462 aa  146  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 		 471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 445 aa  140  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 433 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 483 aa  136  9e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 		 480 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.01 
 
 		 472 aa  134  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 474 aa  133  9e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  30.45 
 
 		 472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  29.04 
 
 		 475 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.27 
 
 		 478 aa  127  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.67 
 
 		 479 aa  126  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.71 
 
 		 471 aa  125  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 451 aa  123  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  27.58 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  27.75 
 
 		 476 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.25 
 
 		 468 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 		 470 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 		 441 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>