More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3580 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  57.59 
 
 		 539 aa  660    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  73.38 
 
 		 553 aa  835    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  62.28 
 
 		 531 aa  681    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  93.17 
 
 		 527 aa  1039    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  73.06 
 
 		 528 aa  837    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  78.22 
 
 		 528 aa  890    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  57.5 
 
 		 554 aa  650    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  100 
 
 		 527 aa  1096    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  74.57 
 
 		 527 aa  842    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  90.89 
 
 		 527 aa  1015    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  64.06 
 
 		 546 aa  706    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  58.99 
 
 		 542 aa  644    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  59.81 
 
 		 523 aa  677    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  58.99 
 
 		 543 aa  634  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  58.2 
 
 		 547 aa  628  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  58.2 
 
 		 547 aa  627  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  58.94 
 
 		 547 aa  625  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  59.14 
 
 		 547 aa  624  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  37.6 
 
 		 546 aa  331  3e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.72 
 
 		 524 aa  311  2.9999999999999997e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  33.4 
 
 		 524 aa  304  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.24 
 
 		 522 aa  302  8.000000000000001e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  33.71 
 
 		 529 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  34.39 
 
 		 522 aa  292  9e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  33.05 
 
 		 529 aa  291  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  33.6 
 
 		 529 aa  289  7e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  34.04 
 
 		 527 aa  289  8e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  34.32 
 
 		 523 aa  288  1e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 		 509 aa  288  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  33.97 
 
 		 503 aa  288  2e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  33.97 
 
 		 503 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  33.4 
 
 		 502 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  34.46 
 
 		 498 aa  287  4e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  34.38 
 
 		 504 aa  286  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  34.18 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  33.55 
 
 		 503 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 		 529 aa  281  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  35.11 
 
 		 504 aa  280  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  34.16 
 
 		 534 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  33.2 
 
 		 521 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 		 520 aa  276  8e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  33.19 
 
 		 501 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 		 533 aa  274  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  33.2 
 
 		 561 aa  272  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  32.7 
 
 		 500 aa  269  8e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 		 502 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  32.48 
 
 		 493 aa  267  4e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  34.51 
 
 		 600 aa  266  7e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  35.68 
 
 		 512 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  33.26 
 
 		 504 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  32.63 
 
 		 525 aa  260  3e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 490 aa  261  3e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  32.7 
 
 		 498 aa  259  6e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  35.31 
 
 		 532 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  29.15 
 
 		 527 aa  166  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  30.66 
 
 		 429 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.88 
 
 		 446 aa  148  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  30.64 
 
 		 428 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.61 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  27.3 
 
 		 444 aa  137  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 		 439 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  27.91 
 
 		 430 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  26.35 
 
 		 448 aa  127  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 		 433 aa  127  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.97 
 
 		 471 aa  125  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.71 
 
 		 479 aa  123  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 		 459 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 		 445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  24.07 
 
 		 441 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 462 aa  121  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  26.83 
 
 		 426 aa  120  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 449 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  26.85 
 
 		 428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 		 480 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.76 
 
 		 434 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.35 
 
 		 472 aa  114  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.57 
 
 		 471 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 		 470 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 		 467 aa  110  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  23.04 
 
 		 474 aa  108  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 		 475 aa  108  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  22.2 
 
 		 483 aa  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 473 aa  107  6e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.69 
 
 		 471 aa  106  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  22.66 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  25.99 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.44 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  25.31 
 
 		 467 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  24.94 
 
 		 468 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 469 aa  103  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 		 469 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.44 
 
 		 462 aa  101  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 		 434 aa  101  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.88 
 
 		 478 aa  100  9e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 		 471 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 		 471 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 472 aa  99.8  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 441 aa  99  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 486 aa  99  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>