More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2118 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  72.53 
 
 		 500 aa  771    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  75.86 
 
 		 498 aa  811    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 502 aa  1054    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  73.75 
 
 		 520 aa  798    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  71.43 
 
 		 509 aa  763    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  55.92 
 
 		 504 aa  597  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  56.12 
 
 		 498 aa  592  1e-168  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  54.9 
 
 		 504 aa  591  1e-167  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  54.29 
 
 		 502 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  52.6 
 
 		 501 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  54.08 
 
 		 504 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  52.14 
 
 		 493 aa  553  1e-156  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  52.04 
 
 		 503 aa  529  1e-149  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  52.04 
 
 		 503 aa  530  1e-149  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  52.04 
 
 		 503 aa  527  1e-148  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  50.31 
 
 		 490 aa  513  1e-144  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  47.87 
 
 		 512 aa  495  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  47.28 
 
 		 600 aa  473  1e-132  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.8 
 
 		 522 aa  372  1e-102  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  39.52 
 
 		 546 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  38.6 
 
 		 529 aa  366  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  37.84 
 
 		 524 aa  364  2e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  40.16 
 
 		 533 aa  363  4e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.11 
 
 		 524 aa  359  8e-98  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  40.61 
 
 		 521 aa  357  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  39.22 
 
 		 522 aa  355  1e-96  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  38.46 
 
 		 529 aa  350  3e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  39.07 
 
 		 523 aa  350  3e-95  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  38.9 
 
 		 529 aa  350  4e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  42.93 
 
 		 527 aa  350  4e-95  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  39.33 
 
 		 529 aa  346  5e-94  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  38.61 
 
 		 525 aa  340  4e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  39.8 
 
 		 534 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  37.75 
 
 		 533 aa  332  9e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  38.9 
 
 		 561 aa  307  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  34.26 
 
 		 527 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  33.6 
 
 		 528 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  32.94 
 
 		 543 aa  293  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  32.73 
 
 		 546 aa  291  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  32.74 
 
 		 542 aa  290  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  34.92 
 
 		 547 aa  289  6e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  34.92 
 
 		 547 aa  289  6e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  34.68 
 
 		 547 aa  289  8e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  33.4 
 
 		 527 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  33.19 
 
 		 527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  32.14 
 
 		 531 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  31.19 
 
 		 547 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  37.05 
 
 		 532 aa  273  6e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  30.04 
 
 		 528 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  35.29 
 
 		 553 aa  272  9e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  33.19 
 
 		 554 aa  269  8e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  34.12 
 
 		 527 aa  268  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  29.72 
 
 		 523 aa  266  8e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  35.39 
 
 		 539 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  34.01 
 
 		 527 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  32.51 
 
 		 429 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  32.12 
 
 		 439 aa  195  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  29.45 
 
 		 428 aa  193  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  31.03 
 
 		 428 aa  193  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  29.09 
 
 		 444 aa  190  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.78 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  31.19 
 
 		 433 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  31.85 
 
 		 446 aa  184  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  34.6 
 
 		 477 aa  183  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  33.06 
 
 		 474 aa  182  9.000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  30.5 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  33.89 
 
 		 473 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  32.25 
 
 		 475 aa  181  4e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 		 480 aa  179  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.15 
 
 		 479 aa  177  6e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  32.05 
 
 		 483 aa  177  6e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  30.87 
 
 		 462 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  31.97 
 
 		 472 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  32.5 
 
 		 476 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 		 448 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 		 434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 471 aa  167  4e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.53 
 
 		 478 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  28.24 
 
 		 441 aa  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  30.96 
 
 		 470 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  28.02 
 
 		 449 aa  163  6e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 		 459 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.94 
 
 		 471 aa  156  8e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  29.76 
 
 		 428 aa  154  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 		 433 aa  153  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.47 
 
 		 434 aa  152  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 426 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 		 471 aa  148  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 		 444 aa  148  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.94 
 
 		 490 aa  148  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 471 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 471 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 486 aa  145  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 		 477 aa  144  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  29.16 
 
 		 445 aa  140  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 451 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 		 477 aa  127  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.44 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 		 468 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.88 
 
 		 459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>