More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0215 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  67.58 
 
 		 475 aa  672    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  73.88 
 
 		 471 aa  726    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  74.63 
 
 		 480 aa  743    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  65.12 
 
 		 479 aa  640    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  75.16 
 
 		 471 aa  720    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  68.23 
 
 		 470 aa  662    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 483 aa  1000    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  57.54 
 
 		 472 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  59.7 
 
 		 478 aa  558  1e-158  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  57.17 
 
 		 474 aa  559  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  57.42 
 
 		 476 aa  555  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  57.39 
 
 		 472 aa  556  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  57.76 
 
 		 477 aa  551  1e-155  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  55.91 
 
 		 473 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  34.47 
 
 		 439 aa  247  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  33.6 
 
 		 444 aa  238  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.41 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  34.69 
 
 		 433 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  33 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  34.88 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  33.42 
 
 		 444 aa  224  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  33.5 
 
 		 426 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 446 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 459 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 		 445 aa  207  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  31.41 
 
 		 428 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  30.27 
 
 		 448 aa  206  8e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  31.3 
 
 		 430 aa  202  8e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  31.87 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  30.81 
 
 		 462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  30.3 
 
 		 428 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 449 aa  192  9e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  31.88 
 
 		 433 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  27.63 
 
 		 441 aa  189  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  29.16 
 
 		 477 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.75 
 
 		 461 aa  181  4e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 467 aa  178  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  32.05 
 
 		 502 aa  177  5e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 469 aa  176  7e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 		 467 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.27 
 
 		 471 aa  173  5.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 		 486 aa  171  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 		 477 aa  169  8e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 		 509 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 		 520 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.3 
 
 		 465 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.65 
 
 		 471 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  33.72 
 
 		 448 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 468 aa  161  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 500 aa  161  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  29.76 
 
 		 422 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.69 
 
 		 462 aa  159  7e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 		 498 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 		 490 aa  159  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 		 504 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 469 aa  156  8e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 		 471 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 		 471 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 		 501 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  24.75 
 
 		 469 aa  155  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 		 465 aa  153  8e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  28.73 
 
 		 468 aa  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  27.22 
 
 		 468 aa  150  5e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.56 
 
 		 490 aa  150  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 		 468 aa  149  9e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  28.14 
 
 		 503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 468 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  28.69 
 
 		 503 aa  147  3e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.67 
 
 		 466 aa  147  6e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.31 
 
 		 461 aa  146  7.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 		 512 aa  146  7.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 		 462 aa  144  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 		 493 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  27.82 
 
 		 503 aa  143  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  28.92 
 
 		 504 aa  143  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 600 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 502 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  27 
 
 		 498 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  27.83 
 
 		 533 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  27.25 
 
 		 529 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 504 aa  136  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 450 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 522 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  30.63 
 
 		 445 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  28.43 
 
 		 532 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.46 
 
 		 441 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 		 441 aa  120  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  24.26 
 
 		 523 aa  117  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  24.71 
 
 		 533 aa  117  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 527 aa  117  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  25.72 
 
 		 529 aa  117  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  22.53 
 
 		 527 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 529 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  23.75 
 
 		 528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  24.12 
 
 		 539 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.22 
 
 		 524 aa  114  6e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  24.65 
 
 		 524 aa  113  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>