More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1712 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  77.04 
 
 		 553 aa  859    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  78.41 
 
 		 527 aa  892    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  60.63 
 
 		 547 aa  644    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  60.63 
 
 		 547 aa  642    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  58.14 
 
 		 542 aa  640    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  60.27 
 
 		 547 aa  642    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  78.03 
 
 		 527 aa  886    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  63.39 
 
 		 546 aa  711    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  100 
 
 		 528 aa  1099    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  57.39 
 
 		 539 aa  656    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  64.45 
 
 		 531 aa  708    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  78.22 
 
 		 527 aa  890    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  77.08 
 
 		 527 aa  863    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  74.57 
 
 		 528 aa  866    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  58.45 
 
 		 554 aa  650    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  59.69 
 
 		 523 aa  659    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  58.75 
 
 		 543 aa  631  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  58.63 
 
 		 547 aa  620  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  35.6 
 
 		 546 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  35.32 
 
 		 524 aa  313  4.999999999999999e-84  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  34.19 
 
 		 524 aa  308  2.0000000000000002e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  32.51 
 
 		 522 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.53 
 
 		 522 aa  300  4e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  33.73 
 
 		 533 aa  298  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  32.08 
 
 		 529 aa  296  5e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  35.06 
 
 		 534 aa  293  6e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  34.32 
 
 		 529 aa  293  7e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  34.27 
 
 		 504 aa  291  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  33.27 
 
 		 523 aa  290  4e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  32.83 
 
 		 529 aa  289  8e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  32.49 
 
 		 503 aa  288  2e-76  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  33.05 
 
 		 503 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  33.05 
 
 		 503 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  33 
 
 		 501 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  33.2 
 
 		 509 aa  283  5.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  33.81 
 
 		 527 aa  281  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  31.19 
 
 		 498 aa  274  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  32.8 
 
 		 504 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  30.04 
 
 		 502 aa  273  7e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 		 500 aa  273  8.000000000000001e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  31.82 
 
 		 529 aa  272  9e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  31.51 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  33.4 
 
 		 561 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  30.88 
 
 		 493 aa  271  2e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  32.94 
 
 		 521 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  29.78 
 
 		 533 aa  269  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  33.06 
 
 		 525 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  32.99 
 
 		 504 aa  268  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  32.92 
 
 		 512 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  33.97 
 
 		 502 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  32.34 
 
 		 490 aa  263  8e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  33.4 
 
 		 498 aa  262  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  35.64 
 
 		 600 aa  254  3e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  31.81 
 
 		 532 aa  221  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  30.52 
 
 		 527 aa  158  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  29.56 
 
 		 429 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  25.49 
 
 		 428 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  28.01 
 
 		 428 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 		 446 aa  137  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  27.68 
 
 		 444 aa  136  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 433 aa  133  6.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  25.7 
 
 		 430 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 439 aa  123  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 459 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 		 471 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 445 aa  120  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.29 
 
 		 479 aa  118  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 		 480 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  23.84 
 
 		 441 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 462 aa  113  8.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.15 
 
 		 434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  23.04 
 
 		 449 aa  111  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 470 aa  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.48 
 
 		 471 aa  110  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  24.33 
 
 		 448 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  23.98 
 
 		 444 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 		 473 aa  105  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  25.14 
 
 		 428 aa  104  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 		 426 aa  103  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  24.18 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.73 
 
 		 472 aa  103  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.62 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  26.12 
 
 		 474 aa  101  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.32 
 
 		 461 aa  100  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  25.72 
 
 		 475 aa  100  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 		 472 aa  100  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  22.98 
 
 		 467 aa  99  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 476 aa  99  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 434 aa  98.2  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.5 
 
 		 471 aa  97.4  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  23.11 
 
 		 495 aa  97.4  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 433 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 		 471 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 		 441 aa  95.5  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 451 aa  95.9  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  23.94 
 
 		 471 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  23.94 
 
 		 471 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  24.72 
 
 		 490 aa  94  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.11 
 
 		 441 aa  92.8  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>