More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1667 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1667  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
242 aa  483  1e-135  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.2 
 
 
260 aa  189  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  39.47 
 
 
250 aa  175  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.77 
 
 
251 aa  169  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.57 
 
 
262 aa  169  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.5 
 
 
250 aa  169  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.5 
 
 
250 aa  169  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  38.16 
 
 
254 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.28 
 
 
250 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  38.96 
 
 
248 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  38.75 
 
 
289 aa  164  9e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.44 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.78 
 
 
242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.41 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  39.48 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  38.5 
 
 
231 aa  160  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2030  RNA polymerase sigma factor SigD  38.26 
 
 
251 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  37.72 
 
 
246 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  37.72 
 
 
246 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.23 
 
 
248 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  38.75 
 
 
239 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.25 
 
 
247 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.78 
 
 
283 aa  159  3e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  35.47 
 
 
246 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
246 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  35.9 
 
 
246 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.46 
 
 
246 aa  158  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  35.9 
 
 
246 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0325  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.39 
 
 
260 aa  158  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.473462  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.18 
 
 
245 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.96 
 
 
246 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  38.14 
 
 
260 aa  156  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  39.21 
 
 
312 aa  156  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.82 
 
 
247 aa  157  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  37.12 
 
 
237 aa  156  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.96 
 
 
232 aa  156  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0159  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.32 
 
 
265 aa  156  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  35.47 
 
 
246 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  36.67 
 
 
244 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.07 
 
 
238 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  35.83 
 
 
244 aa  154  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  36.75 
 
 
247 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.25 
 
 
237 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.33 
 
 
241 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  36.75 
 
 
239 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3447  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.18 
 
 
250 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.25 
 
 
237 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  36.17 
 
 
295 aa  153  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  38.17 
 
 
237 aa  153  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  38.24 
 
 
237 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  38.24 
 
 
237 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0383  sigma-70 factor  36.91 
 
 
227 aa  153  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.740921  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  35.04 
 
 
248 aa  153  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  38.24 
 
 
237 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  38.24 
 
 
237 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  38.17 
 
 
239 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.68 
 
 
238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  37.1 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  37.82 
 
 
237 aa  152  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  35.78 
 
 
246 aa  151  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.16 
 
 
241 aa  151  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  37.76 
 
 
237 aa  152  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2011  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.6 
 
 
265 aa  151  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.21 
 
 
266 aa  151  8e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0402  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.06 
 
 
262 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  38.02 
 
 
239 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  37.76 
 
 
237 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  37.76 
 
 
237 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.73 
 
 
411 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
239 aa  149  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  35.34 
 
 
345 aa  149  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  37.76 
 
 
239 aa  149  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.73 
 
 
237 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.71 
 
 
257 aa  148  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  37.55 
 
 
244 aa  148  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0757  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.42 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.289787  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.58 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.21 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.28 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  37.44 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.45 
 
 
253 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.76 
 
 
272 aa  146  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1422  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.7 
 
 
250 aa  146  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0109521  normal  0.320143 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.28 
 
 
272 aa  145  6e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1431  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.3 
 
 
226 aa  145  6e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0331  RNA polymerase sigma factor sigma-28  36.73 
 
 
253 aa  144  9e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.188921  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  36.55 
 
 
243 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  37.67 
 
 
238 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  33.47 
 
 
255 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  36.48 
 
 
239 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  36.05 
 
 
259 aa  144  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  37.67 
 
 
238 aa  143  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  35.39 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  35.17 
 
 
253 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  35.17 
 
 
253 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  35.39 
 
 
243 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  33.47 
 
 
255 aa  142  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
240 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.89 
 
 
238 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>