More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5913 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
272 aa  539  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  74.81 
 
 
295 aa  386  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  54.04 
 
 
312 aa  290  2e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  53.82 
 
 
289 aa  286  2e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  55.51 
 
 
266 aa  283  1.0000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  53.9 
 
 
411 aa  280  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  52.85 
 
 
262 aa  256  3e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50 
 
 
254 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50 
 
 
328 aa  241  1e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  49.4 
 
 
345 aa  237  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  48.98 
 
 
283 aa  231  1e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  50.21 
 
 
244 aa  226  4e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0360  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50.41 
 
 
262 aa  218  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  46.32 
 
 
260 aa  212  4.9999999999999996e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  41.8 
 
 
262 aa  211  7e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.37 
 
 
249 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.06 
 
 
254 aa  202  5e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.99 
 
 
250 aa  199  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  41.13 
 
 
250 aa  196  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.13 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.13 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  42.04 
 
 
257 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.34 
 
 
255 aa  193  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.86 
 
 
251 aa  191  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  39.92 
 
 
259 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.04 
 
 
246 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  38.19 
 
 
260 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0331  RNA polymerase sigma factor sigma-28  40.65 
 
 
253 aa  187  1e-46  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.188921  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.89 
 
 
254 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.59 
 
 
237 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.35 
 
 
237 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.35 
 
 
237 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.17 
 
 
246 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.23 
 
 
238 aa  185  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  40.69 
 
 
236 aa  184  9e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  39.83 
 
 
244 aa  184  9e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  40 
 
 
253 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  39.18 
 
 
254 aa  183  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  41.95 
 
 
243 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  46.72 
 
 
257 aa  182  7e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.8 
 
 
272 aa  181  8.000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.38 
 
 
243 aa  181  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  42.17 
 
 
248 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  40.52 
 
 
237 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.3 
 
 
238 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.25 
 
 
251 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.3 
 
 
238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.87 
 
 
241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1397  RNA polymerase, sigma 28 subunit  40.98 
 
 
264 aa  179  4e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00369559  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.99 
 
 
248 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.5 
 
 
239 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
239 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  39.11 
 
 
253 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
239 aa  176  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
239 aa  176  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  43.1 
 
 
240 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  39.11 
 
 
253 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  41 
 
 
247 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
239 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  41 
 
 
239 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
239 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
229 aa  175  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
229 aa  175  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
229 aa  175  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
229 aa  175  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  43.5 
 
 
239 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.61 
 
 
279 aa  175  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  43.04 
 
 
240 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  41.05 
 
 
244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  41.74 
 
 
244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  41.74 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  42.92 
 
 
240 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  42.92 
 
 
240 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1313  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.04 
 
 
242 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  41.05 
 
 
244 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0495  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.91 
 
 
218 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  42.67 
 
 
247 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  43.1 
 
 
240 aa  171  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  41.05 
 
 
243 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  43.67 
 
 
231 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
244 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  42.6 
 
 
239 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  39.91 
 
 
244 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  41.05 
 
 
243 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  41.05 
 
 
243 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
240 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.23 
 
 
232 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  43.1 
 
 
246 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  42.49 
 
 
240 aa  169  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  41.99 
 
 
262 aa  170  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  42.67 
 
 
240 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.7 
 
 
245 aa  168  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  40 
 
 
244 aa  168  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>