More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_09870 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  100 
 
 
295 aa  588  1e-167  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  73.68 
 
 
272 aa  377  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  52.82 
 
 
312 aa  292  4e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  52.84 
 
 
289 aa  291  1e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  54.33 
 
 
266 aa  281  1e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  54.22 
 
 
411 aa  271  9e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.97 
 
 
262 aa  261  1e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.24 
 
 
328 aa  248  1e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  48.83 
 
 
345 aa  244  9e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  45.55 
 
 
283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  48.59 
 
 
254 aa  243  3e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  49.21 
 
 
244 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  44.71 
 
 
262 aa  230  2e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0360  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  48.98 
 
 
262 aa  223  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  46.52 
 
 
260 aa  221  8e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  41.43 
 
 
260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.5 
 
 
254 aa  208  8e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.37 
 
 
250 aa  202  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.35 
 
 
250 aa  202  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.35 
 
 
250 aa  202  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.2 
 
 
249 aa  202  7e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.65 
 
 
246 aa  201  9e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  40.96 
 
 
250 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.78 
 
 
251 aa  200  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  42.68 
 
 
257 aa  198  9e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  40.47 
 
 
254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.62 
 
 
272 aa  196  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  41.94 
 
 
259 aa  196  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  47.14 
 
 
238 aa  195  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  43.48 
 
 
236 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  42.86 
 
 
255 aa  192  6e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.4 
 
 
254 aa  191  8e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0331  RNA polymerase sigma factor sigma-28  41.56 
 
 
253 aa  189  4e-47  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.188921  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  42.73 
 
 
237 aa  189  5e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.3 
 
 
241 aa  185  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.48 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  43.48 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.48 
 
 
237 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2030  RNA polymerase sigma factor SigD  42.26 
 
 
251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.74 
 
 
238 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  37.41 
 
 
253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  43.04 
 
 
262 aa  179  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  45.29 
 
 
244 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.76 
 
 
251 aa  178  8e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  42.42 
 
 
248 aa  178  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  45.29 
 
 
244 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
244 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  37.05 
 
 
253 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
243 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
244 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
244 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
244 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  37.05 
 
 
253 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
244 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
244 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.3 
 
 
238 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  41.45 
 
 
243 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  39.48 
 
 
244 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.6 
 
 
248 aa  176  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1397  RNA polymerase, sigma 28 subunit  43.72 
 
 
264 aa  176  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00369559  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.92 
 
 
254 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  40.98 
 
 
247 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  40.98 
 
 
239 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.21 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.22 
 
 
279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0495  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.8 
 
 
218 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.98 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  41.56 
 
 
240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  45.11 
 
 
246 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
240 aa  172  7.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  42.11 
 
 
244 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  42.29 
 
 
244 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.3 
 
 
245 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.05 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  44.68 
 
 
246 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  43.05 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  43.05 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  43.05 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  43.05 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.85 
 
 
232 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  44.68 
 
 
246 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1422  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.17 
 
 
250 aa  169  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0109521  normal  0.320143 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  41.41 
 
 
243 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  41.41 
 
 
243 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  41.41 
 
 
243 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  43.05 
 
 
239 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  44.26 
 
 
246 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  42.11 
 
 
246 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  42.6 
 
 
243 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  40.77 
 
 
240 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  40.79 
 
 
244 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
240 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  40.57 
 
 
248 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  40.79 
 
 
243 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.61 
 
 
241 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  43.1 
 
 
247 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  43.97 
 
 
246 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  43.97 
 
 
246 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  40.34 
 
 
240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  41.7 
 
 
239 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>