More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1142 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  100 
 
 
259 aa  528  1e-149  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  44.13 
 
 
312 aa  214  9e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  42.34 
 
 
345 aa  208  6e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  42.28 
 
 
289 aa  206  4e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  41.94 
 
 
295 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.94 
 
 
254 aa  196  3e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.7 
 
 
262 aa  196  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.59 
 
 
283 aa  194  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.8 
 
 
260 aa  193  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.67 
 
 
328 aa  192  5e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  39.2 
 
 
260 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  39.18 
 
 
262 aa  190  2e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.13 
 
 
272 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  40.64 
 
 
250 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.84 
 
 
250 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.09 
 
 
411 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.92 
 
 
266 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.87 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.68 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.87 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.08 
 
 
244 aa  178  7e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
229 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
229 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
239 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
229 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  41.3 
 
 
229 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  42.92 
 
 
231 aa  174  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.11 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.06 
 
 
254 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.43 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
239 aa  169  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.77 
 
 
257 aa  169  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  39.57 
 
 
239 aa  169  6e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  37.8 
 
 
262 aa  168  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  39.56 
 
 
240 aa  168  9e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  40.35 
 
 
240 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
279 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  39.74 
 
 
240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.82 
 
 
272 aa  162  3e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.67 
 
 
248 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.45 
 
 
254 aa  162  6e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.82 
 
 
241 aa  162  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.82 
 
 
232 aa  161  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  37.67 
 
 
236 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.48 
 
 
246 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  39.56 
 
 
240 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  39.56 
 
 
240 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.93 
 
 
241 aa  159  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.11 
 
 
245 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.77 
 
 
238 aa  158  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  40 
 
 
239 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  39.91 
 
 
240 aa  156  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.27 
 
 
247 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  37.44 
 
 
237 aa  155  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  39.91 
 
 
240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  37.97 
 
 
246 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  34.76 
 
 
246 aa  154  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  38.67 
 
 
240 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.39 
 
 
237 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  37.97 
 
 
246 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.39 
 
 
237 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.73 
 
 
251 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  37.71 
 
 
246 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  37.97 
 
 
246 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
244 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
244 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
244 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
244 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
244 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
244 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  37.44 
 
 
253 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  37.44 
 
 
253 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  36.91 
 
 
243 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  37.66 
 
 
248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.54 
 
 
249 aa  152  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
244 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
243 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
243 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
243 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0360  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.2 
 
 
262 aa  150  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  37.45 
 
 
246 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  38.5 
 
 
250 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  36.09 
 
 
244 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  37.89 
 
 
254 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3283  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.55 
 
 
250 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.639236  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  36.96 
 
 
253 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
243 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
244 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  36.96 
 
 
255 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  36.48 
 
 
243 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
244 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_002620  TC0331  RNA polymerase sigma factor sigma-28  35.2 
 
 
253 aa  149  4e-35  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.188921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.72 
 
 
237 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  37.17 
 
 
244 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1422  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.5 
 
 
250 aa  149  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0109521  normal  0.320143 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  38.74 
 
 
239 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>