More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1199 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  100 
 
 		 239 aa  486  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  89.5 
 
 		 239 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  89.03 
 
 		 237 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  89.03 
 
 		 237 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  89.03 
 
 		 237 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  89.03 
 
 		 237 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  88.61 
 
 		 237 aa  424  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  87.76 
 
 		 237 aa  423  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  87.76 
 
 		 237 aa  422  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  88.19 
 
 		 237 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  88.19 
 
 		 237 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  83.12 
 
 		 239 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  82.35 
 
 		 239 aa  402  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  82.01 
 
 		 239 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  81.51 
 
 		 239 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1635  flagellar biosynthesis sigma factor  81.01 
 
 		 242 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  62.71 
 
 		 242 aa  315  3e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  62.71 
 
 		 243 aa  311  7.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  61.18 
 
 		 239 aa  305  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  61.57 
 
 		 244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  60.74 
 
 		 244 aa  301  5.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  63.04 
 
 		 243 aa  300  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  60.33 
 
 		 244 aa  294  9e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  57.33 
 
 		 247 aa  271  6e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  56.03 
 
 		 246 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  56.03 
 
 		 246 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  55.37 
 
 		 248 aa  257  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  56.77 
 
 		 246 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  56.33 
 
 		 246 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  53.88 
 
 		 247 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  56.33 
 
 		 246 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  53.88 
 
 		 239 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  55.9 
 
 		 246 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  54.2 
 
 		 246 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  53.39 
 
 		 238 aa  252  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  53.39 
 
 		 238 aa  252  3e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50.87 
 
 		 241 aa  246  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  51.44 
 
 		 241 aa  246  2e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  53.31 
 
 		 242 aa  246  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  53.25 
 
 		 247 aa  245  4e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  55.36 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  49.79 
 
 		 245 aa  240  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2155  Sigma28 (flagella)  52.07 
 
 		 234 aa  234  9e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  52.42 
 
 		 253 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 243 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 243 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.26 
 
 		 247 aa  224  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  48.03 
 
 		 244 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  48.03 
 
 		 244 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  48.23 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  48.23 
 
 		 243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  48.23 
 
 		 243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  48.23 
 
 		 243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  47.9 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  47.16 
 
 		 244 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  47.79 
 
 		 244 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  48.05 
 
 		 244 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  47.79 
 
 		 243 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  48.31 
 
 		 243 aa  215  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  50 
 
 		 232 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  47.35 
 
 		 244 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  45.74 
 
 		 236 aa  211  5.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  49.12 
 
 		 240 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.3 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  47.6 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0322756 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  45.3 
 
 		 253 aa  208  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  43.7 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  50 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  50 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  45.49 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  45.49 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  49.56 
 
 		 239 aa  206  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  46.12 
 
 		 238 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  48.23 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  44.89 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  49.12 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  49.12 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  49.12 
 
 		 239 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  49.12 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  49.12 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  50.91 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  47.09 
 
 		 257 aa  202  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.49 
 
 		 237 aa  202  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.49 
 
 		 237 aa  202  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  48.23 
 
 		 240 aa  200  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.54 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  47.81 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  47.81 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>