More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1159 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0591  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  54.66 
 
 
241 aa  267  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  46.72 
 
 
251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  46.32 
 
 
250 aa  206  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.98 
 
 
250 aa  205  6e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.98 
 
 
250 aa  205  6e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.02 
 
 
250 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.08 
 
 
266 aa  183  3e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.96 
 
 
262 aa  168  8e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 
279 aa  167  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  37.3 
 
 
260 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3283  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.17 
 
 
250 aa  165  5e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.639236  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3447  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.72 
 
 
250 aa  165  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  40.69 
 
 
238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.18 
 
 
241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.12 
 
 
260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  39.42 
 
 
239 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  40.09 
 
 
238 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  36.78 
 
 
242 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2011  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.55 
 
 
265 aa  158  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.91 
 
 
243 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.82 
 
 
251 aa  158  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
244 aa  158  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  34.18 
 
 
289 aa  157  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  37.34 
 
 
239 aa  157  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.53 
 
 
237 aa  156  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  35.63 
 
 
239 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.53 
 
 
254 aa  156  3e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  35.53 
 
 
254 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0159  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.08 
 
 
265 aa  156  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.99 
 
 
237 aa  155  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.99 
 
 
237 aa  155  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  36.78 
 
 
237 aa  155  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.68 
 
 
254 aa  155  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.84 
 
 
411 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37 
 
 
257 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.62 
 
 
241 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  35.68 
 
 
237 aa  153  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0383  sigma-70 factor  39.19 
 
 
227 aa  153  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.740921  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  36.18 
 
 
239 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  34.51 
 
 
312 aa  153  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  36.51 
 
 
237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  36.51 
 
 
237 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  36.51 
 
 
237 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0325  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.44 
 
 
260 aa  152  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.473462  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  35.09 
 
 
237 aa  152  7e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
237 aa  151  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
237 aa  151  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
237 aa  151  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
237 aa  151  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
243 aa  151  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  34.93 
 
 
242 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
247 aa  150  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  36.75 
 
 
246 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  36.96 
 
 
259 aa  150  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.2 
 
 
272 aa  149  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  37.28 
 
 
248 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  36.75 
 
 
246 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  36.75 
 
 
246 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3468  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.56 
 
 
267 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  33.77 
 
 
238 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  38.57 
 
 
231 aa  148  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  36.48 
 
 
262 aa  148  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
243 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  37.12 
 
 
247 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.07 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  37.12 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  33.48 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.24 
 
 
238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.27 
 
 
238 aa  146  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  35.8 
 
 
239 aa  146  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.32 
 
 
247 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  35.9 
 
 
243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
239 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.09 
 
 
249 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.78 
 
 
245 aa  145  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  37.33 
 
 
244 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1635  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
242 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110692  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  37.72 
 
 
240 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.63 
 
 
328 aa  144  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.31 
 
 
253 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2030  RNA polymerase sigma factor SigD  36.04 
 
 
251 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  35.5 
 
 
236 aa  143  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.25 
 
 
257 aa  143  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  36.87 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.24 
 
 
239 aa  143  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  36.24 
 
 
239 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  36.24 
 
 
239 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
240 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  36.24 
 
 
239 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  36.24 
 
 
239 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  36.89 
 
 
244 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.84 
 
 
246 aa  143  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>