More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3053 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  100 
 
 
250 aa  509  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  88.4 
 
 
250 aa  464  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  73.9 
 
 
250 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  73.9 
 
 
250 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  74.09 
 
 
251 aa  392  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3283  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  59.35 
 
 
250 aa  289  3e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.639236  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3447  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  57.89 
 
 
250 aa  287  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  47.86 
 
 
262 aa  223  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  43.04 
 
 
260 aa  214  7e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.78 
 
 
266 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  44.98 
 
 
289 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  46.32 
 
 
255 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  42.86 
 
 
312 aa  204  8e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  40.96 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  46.19 
 
 
239 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
244 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
244 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
244 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
244 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
243 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
239 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
244 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
239 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
239 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
239 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 
244 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
239 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.13 
 
 
272 aa  192  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  43.53 
 
 
238 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  43.93 
 
 
243 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  46.29 
 
 
240 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  45.37 
 
 
240 aa  191  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
229 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
229 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
229 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
229 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  46.19 
 
 
239 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  45.41 
 
 
240 aa  191  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  41.23 
 
 
244 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  45.29 
 
 
239 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  45.85 
 
 
240 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.49 
 
 
254 aa  190  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  44.2 
 
 
232 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.52 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  40.93 
 
 
246 aa  189  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0591  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.32 
 
 
241 aa  189  5e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  42.37 
 
 
255 aa  188  5.999999999999999e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.29 
 
 
248 aa  188  5.999999999999999e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  42.26 
 
 
244 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  42.67 
 
 
243 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.52 
 
 
246 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  42.67 
 
 
244 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  41.49 
 
 
244 aa  186  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  40.64 
 
 
259 aa  187  2e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  41.49 
 
 
244 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  37.04 
 
 
262 aa  186  3e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  42.26 
 
 
244 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.05 
 
 
237 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.05 
 
 
237 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  42.26 
 
 
243 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  42.26 
 
 
243 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.61 
 
 
411 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  42.26 
 
 
243 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  43.04 
 
 
238 aa  185  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.54 
 
 
237 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  42.26 
 
 
244 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  43.67 
 
 
240 aa  184  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  43.22 
 
 
260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40 
 
 
328 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
257 aa  182  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.1 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  43.23 
 
 
240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  43.23 
 
 
240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  41.38 
 
 
238 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.09 
 
 
279 aa  181  7e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  40.35 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.08 
 
 
244 aa  180  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.06 
 
 
247 aa  180  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0360  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.96 
 
 
262 aa  179  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.19 
 
 
254 aa  178  5.999999999999999e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  39.48 
 
 
253 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  40.17 
 
 
238 aa  178  9e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  41.89 
 
 
231 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  38.89 
 
 
253 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  38.89 
 
 
253 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  40.61 
 
 
236 aa  176  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.18 
 
 
241 aa  175  6e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1667  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.47 
 
 
242 aa  175  7e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  41.92 
 
 
240 aa  175  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.75 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.95 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.7 
 
 
241 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.96 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  38.86 
 
 
239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  40.08 
 
 
246 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1306  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.49 
 
 
245 aa  172  5e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.152189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  40.08 
 
 
246 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  41.15 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.93 
 
 
242 aa  171  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  40.08 
 
 
246 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>