More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0560.2 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0560.2  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 429 aa  855    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  83.49 
 
 		 551 aa  724    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  85.55 
 
 		 550 aa  739    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  83.26 
 
 		 551 aa  722    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  71.4 
 
 		 549 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  71.4 
 
 		 549 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  71.63 
 
 		 549 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  59.07 
 
 		 547 aa  457  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  57.79 
 
 		 544 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  57.44 
 
 		 533 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  59.84 
 
 		 540 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  57 
 
 		 547 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  53.9 
 
 		 538 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0522  putative small-conductance mechanosensitive channel  64.56 
 
 		 331 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122809  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  39.33 
 
 		 534 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  37.23 
 
 		 532 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  39.31 
 
 		 563 aa  262  8e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  35.85 
 
 		 561 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  63.56 
 
 		 292 aa  171  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  94.94 
 
 		 200 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  40.96 
 
 		 531 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  38.89 
 
 		 494 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  35.1 
 
 		 275 aa  98.2  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  35.1 
 
 		 275 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  35.1 
 
 		 275 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  35.1 
 
 		 275 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  35.1 
 
 		 275 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  36.67 
 
 		 275 aa  97.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  35.1 
 
 		 275 aa  97.1  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 275 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 275 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  34.42 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  34.19 
 
 		 287 aa  94  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  33.11 
 
 		 275 aa  92.8  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  34.42 
 
 		 288 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  32.43 
 
 		 274 aa  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  36.49 
 
 		 341 aa  91.3  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  34 
 
 		 277 aa  90.9  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 334 aa  90.5  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  34.01 
 
 		 275 aa  90.5  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 274 aa  90.5  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  35.4 
 
 		 283 aa  90.1  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  32.65 
 
 		 276 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 293 aa  87.8  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  34.59 
 
 		 274 aa  87.4  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  32.26 
 
 		 286 aa  87.4  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  35.4 
 
 		 283 aa  87.8  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 		 280 aa  87.4  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  32.26 
 
 		 269 aa  87  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 		 270 aa  87  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 		 297 aa  85.9  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.84 
 
 		 276 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  29.09 
 
 		 292 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  32.87 
 
 		 274 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 270 aa  84  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.63 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  27.63 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.63 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  31.76 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  37.3 
 
 		 276 aa  82.4  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 		 276 aa  82.8  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4903  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 327 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  36.17 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  32.32 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.04 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  33.12 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  32.03 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  37.32 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  30.97 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1245  ion channel protein  33.78 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  33.77 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  31.2 
 
 		 291 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  35.97 
 
 		 272 aa  79  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  31.2 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  40.4 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  31.03 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  31.03 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 267 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  31.03 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  36.23 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  31.03 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  31.2 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  30.46 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 275 aa  77  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  34.59 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  30.17 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  33.08 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  30.66 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>