More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2404 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 279 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  92.47 
 
 		 279 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  85.66 
 
 		 279 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  77.06 
 
 		 279 aa  441  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  76.34 
 
 		 279 aa  431  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  75.99 
 
 		 279 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  76.26 
 
 		 279 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  77.42 
 
 		 279 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  67.26 
 
 		 280 aa  379  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  68.62 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  65.38 
 
 		 287 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  63.73 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  66.2 
 
 		 288 aa  358  5e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  67.05 
 
 		 272 aa  358  8e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  62.28 
 
 		 281 aa  349  4e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  61.62 
 
 		 286 aa  341  5.999999999999999e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  60.28 
 
 		 279 aa  329  4e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.71 
 
 		 313 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.71 
 
 		 313 aa  232  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.55 
 
 		 311 aa  229  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.94 
 
 		 280 aa  228  8e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.94 
 
 		 280 aa  228  8e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  51.15 
 
 		 263 aa  228  1e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.88 
 
 		 279 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  46.35 
 
 		 305 aa  224  8e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  51.32 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  48.52 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.56 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.92 
 
 		 313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.85 
 
 		 311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.6 
 
 		 282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.49 
 
 		 283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.19 
 
 		 256 aa  212  5.999999999999999e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.11 
 
 		 280 aa  211  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  49.76 
 
 		 287 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.76 
 
 		 283 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.26 
 
 		 280 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.76 
 
 		 283 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.83 
 
 		 286 aa  209  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.31 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.43 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.43 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.36 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  52.38 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.39 
 
 		 288 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  46.49 
 
 		 312 aa  204  9e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  45.05 
 
 		 295 aa  204  9e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  51.32 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.93 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  44.69 
 
 		 328 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  44.69 
 
 		 304 aa  202  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  43.23 
 
 		 273 aa  202  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  43.35 
 
 		 279 aa  202  5e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  42.11 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.95 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.95 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.41 
 
 		 297 aa  201  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  45.58 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.67 
 
 		 297 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.36 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.39 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  42.15 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  47.71 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.24 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.24 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.85 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.1 
 
 		 279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.17 
 
 		 280 aa  188  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  46.46 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  41.52 
 
 		 278 aa  182  6e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 		 280 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  41.35 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 		 323 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  39.29 
 
 		 360 aa  169  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 		 356 aa  168  9e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  34.57 
 
 		 315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  35.13 
 
 		 321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  35.13 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  39.22 
 
 		 349 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 		 362 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1968  nitrate ABC transporter, permease component  36.95 
 
 		 377 aa  149  6e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.52047  normal  0.211755 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.24 
 
 		 332 aa  146  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0347715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.252204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 		 283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.321257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3160  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.6 
 
 		 274 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.913146  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  38.42 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.5 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1541  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  37.1 
 
 		 281 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690359  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>