More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1968 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1968  nitrate ABC transporter, permease component  100 
 
 
377 aa  761    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.52047  normal  0.211755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  42.86 
 
 
337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  40.32 
 
 
360 aa  281  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
362 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
356 aa  276  6e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  43.49 
 
 
321 aa  265  8e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  43.49 
 
 
321 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.23 
 
 
330 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
323 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
320 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
329 aa  250  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  48.67 
 
 
315 aa  249  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.66 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  38.42 
 
 
288 aa  149  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.95 
 
 
279 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.28 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.21 
 
 
280 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.21 
 
 
280 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  36.95 
 
 
279 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  33.95 
 
 
287 aa  146  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  37.44 
 
 
279 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.42 
 
 
280 aa  144  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.42 
 
 
295 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  39.7 
 
 
283 aa  143  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.76 
 
 
311 aa  143  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.45 
 
 
279 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  31.62 
 
 
295 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.93 
 
 
281 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.37 
 
 
279 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 
279 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 
279 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.47 
 
 
279 aa  136  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  36.95 
 
 
272 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.95 
 
 
286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  32.42 
 
 
273 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.86 
 
 
282 aa  129  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.98 
 
 
279 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  34.17 
 
 
305 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.5 
 
 
313 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.5 
 
 
313 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  28.74 
 
 
287 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  32.67 
 
 
279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.35 
 
 
283 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.35 
 
 
283 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  30 
 
 
299 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35 
 
 
315 aa  120  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.68 
 
 
297 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.17 
 
 
256 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.95 
 
 
297 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34 
 
 
280 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  28.52 
 
 
312 aa  116  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.99 
 
 
288 aa  117  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  32.5 
 
 
295 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.99 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.48 
 
 
285 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.48 
 
 
285 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.5 
 
 
293 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.68 
 
 
311 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  34.78 
 
 
300 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32 
 
 
279 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  32.99 
 
 
278 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
277 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 
280 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
277 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  34.15 
 
 
328 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  31.03 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  36.2 
 
 
263 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  29.65 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.36 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  33.7 
 
 
303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.16 
 
 
283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  31.5 
 
 
279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.89 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
309 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.32 
 
 
298 aa  109  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.19 
 
 
310 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.16 
 
 
328 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.26 
 
 
280 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.67 
 
 
304 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  33.75 
 
 
279 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33 
 
 
313 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  33.67 
 
 
297 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.67 
 
 
304 aa  106  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  27.48 
 
 
299 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
252 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.71 
 
 
261 aa  93.2  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
267 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1813  ABC transporter membrane protein  29.13 
 
 
256 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.48548  normal  0.635137 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.61 
 
 
302 aa  90.9  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.9 
 
 
271 aa  89.7  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0924  ABC transporter permease protein  26.8 
 
 
258 aa  89.4  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  26.22 
 
 
274 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.36 
 
 
251 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.660602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  33.33 
 
 
279 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  25.78 
 
 
274 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>