More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1759 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  100 
 
 
299 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  81.59 
 
 
304 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  72.5 
 
 
285 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  77.43 
 
 
286 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  72.5 
 
 
285 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  76.1 
 
 
288 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.22 
 
 
298 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  62.8 
 
 
311 aa  367  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  59.93 
 
 
297 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  63.06 
 
 
280 aa  352  4e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.84 
 
 
297 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  67.65 
 
 
297 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  60.16 
 
 
277 aa  324  1e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  60.16 
 
 
277 aa  324  1e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  61.11 
 
 
280 aa  322  6e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  55.81 
 
 
279 aa  308  9e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  56.03 
 
 
279 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.57 
 
 
280 aa  286  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.57 
 
 
280 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  53.12 
 
 
280 aa  275  5e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  53.52 
 
 
278 aa  274  1.0000000000000001e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  58.61 
 
 
279 aa  270  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  46.44 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  48.36 
 
 
279 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.49 
 
 
315 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  40.89 
 
 
305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.44 
 
 
331 aa  232  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  39.93 
 
 
299 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.91 
 
 
311 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  40.89 
 
 
295 aa  226  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  44.96 
 
 
283 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.43 
 
 
313 aa  225  7e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.03 
 
 
309 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.5 
 
 
313 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.85 
 
 
280 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.76 
 
 
279 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.85 
 
 
280 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.67 
 
 
279 aa  223  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  45.96 
 
 
314 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  42.45 
 
 
287 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.34 
 
 
283 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.34 
 
 
283 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  46.15 
 
 
328 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  40.66 
 
 
300 aa  215  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.09 
 
 
279 aa  215  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  46.43 
 
 
295 aa  214  9e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  43.43 
 
 
303 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  45.65 
 
 
279 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.09 
 
 
279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48 
 
 
279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.98 
 
 
280 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.37 
 
 
293 aa  212  7.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.09 
 
 
279 aa  211  9e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  46.9 
 
 
279 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  43.86 
 
 
272 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  40.98 
 
 
312 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.38 
 
 
311 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.81 
 
 
283 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.46 
 
 
279 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.83 
 
 
313 aa  208  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.43 
 
 
279 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  40.84 
 
 
288 aa  206  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.19 
 
 
281 aa  206  3e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  47.09 
 
 
287 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.3 
 
 
295 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.48 
 
 
328 aa  203  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.21 
 
 
310 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.74 
 
 
282 aa  201  9e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.83 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.64 
 
 
298 aa  195  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.17 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.92 
 
 
304 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.24 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  42.99 
 
 
263 aa  167  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  37.91 
 
 
349 aa  155  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
252 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
285 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.987071 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  32.82 
 
 
360 aa  145  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  30.72 
 
 
337 aa  142  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 
320 aa  142  7e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.88 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
323 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
329 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  38.54 
 
 
260 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3160  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.2 
 
 
274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.913146  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2218  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.78 
 
 
290 aa  135  8e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.56 
 
 
356 aa  134  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  29.33 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  29.33 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
277 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
330 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4879  putative ABC transporter, permease protein  36.82 
 
 
263 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
259 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0673  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.79 
 
 
275 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0666321  normal  0.331074 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
362 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.55 
 
 
332 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
269 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>